在Torque集群上使用R Bioconductor SVA软件包的ComBat（）函数的OpenBLAS问题

Question

我在R中的Bioconductor的SVA包中使用ComBat（）函数时遇到问题。

在我的笔记本电脑上（运行Linux Ubuntu 18操作系统的Latitude 5590），它运行良好。 但是如果我在TORQUE集群上运行它，对ComBat（）函数的调用会产生一个无限的等待循环：

“ComBat（）”Found25batches

注意：一个批次只有一个样本，设置mean.only = TRUE

调整0变量或协变量水平

跨基因标准化数据

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：资源暂时不可用

OpenBLAS blas_thread_init：RLIMIT_NPROC 903725当前，最大值903725

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：资源暂时不可用

OpenBLAS blas_thread_init：RLIMIT_NPROC 903725当前，最大值903725

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：资源暂时不可用

OpenBLAS blas_thread_init：RLIMIT_NPROC 903725当前，最大值903725

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：资源暂时不可用

OpenBLAS blas_thread_init：RLIMIT_NPROC 903725当前，最大值903725

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：资源暂时不可用

OpenBLAS blas_thread_init：RLIMIT_NPROC 903725当前，最大值903725

OpenBLAS blas_thread_init：pthread_create：资源暂时不可用

你知道我怎么解决它吗？

我在网上查了一下，有些人已经遇到了这个与Python有关的问题 。 这对我来说听起来很奇怪：如果它是一个Python问题，它为什么会出现在R？

谢谢

Answer 1

我的一位同事（在StackOverflow之外）帮助我并找到了解决方案。

我需要在我的R脚本中插入此命令：

Sys.setenv(OPENBLAS_NUM_THREADS="1")

就是这样。