提取给定节点的所有父代

Question

我正在尝试使用EBI-RDF sparql端点提取每个给定GO ID（节点）的所有父级 ，我是基于这 两个类似的问题来制定查询的，下面是两个说明问题的示例：

示例1 （ 链接到结构 ）：

biological_process (GO:0008150)
           |__ metabolic process (GO:0008152)
                           |__ methylation (GO:0032259)

在此示例中，使用以下查询：

PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dbpedia2: <http://dbpedia.org/property/>
PREFIX dbpedia: <http://dbpedia.org/>
PREFIX foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1/>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>

PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>

SELECT (count(?mid) as ?depth)
       (group_concat(distinct ?midId ; separator = " / ") AS ?treePath) 
FROM <http://rdf.ebi.ac.uk/dataset/go> 
WHERE {
    obo:GO_0032259 rdfs:subClassOf* ?mid .
    ?mid rdfs:subClassOf* ?class .
    ?mid <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id> ?midId.
}
GROUP BY ?treePath
ORDER BY ?depth

我得到了预期的结果，没有任何问题：

c |              treePath
--|-------------------------------------
6 | GO:0008150 / GO:0008152 / GO:0032259

但是，当该术语存在于多个分支（例如GO:0007267 ）中时（如下例所示），以前的方法不起作用：

示例2 （ 链接到结构 ）

biological_process (GO:0008150)
           |__ cellular_process (GO:0009987)
           |           |__ cell communication (GO:0007154)
           |                       |__ cell-cell signaling (GO:0007267)
           |
           |__ signaling (GO:0023052)
                      |__ cell-cell signaling (GO:0007267)

结果：

c |                            treePath
--|---------------------------------------------------------------
15| GO:0007154 / GO:0007267 / GO:0008150 / GO:0009987 / GO:0023052

我想要得到的是以下内容：

GO:0008150 / GO:0009987 / GO:0007154 / GO:0007267
GO:0008150 / GO:0023052 / GO:0007267

---

我了解的是，在幕后，我正在计算每个级别的深度并使用它来构造路径，当我们拥有一个仅属于一个分支的元素时，这种方法可以很好地工作。

SELECT (count(?mid) as ?depth) ?midId
FROM <http://rdf.ebi.ac.uk/dataset/go> 
WHERE {
    obo:GO_0032259 rdfs:subClassOf* ?mid .
    ?mid rdfs:subClassOf* ?class .
    ?mid <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id> ?midId.
}
GROUP BY ?midId
ORDER BY ?depth

结果：

depth |   midId
------|------------
1     | GO:0008150
2     | GO:0008152
3     | GO:0032259

在第二个示例中，一切都错了，我不知道为什么，无论如何，我可以确定问题的一部分是具有相同深度/级别的术语，但是我不知道如何解决这个问题。

depth |   midId
------|------------
2     | GO:0008150
2     | GO:0009987
2     | GO:0023052
3     | GO:0007154
6     | GO:0007267

Answer 1

感谢@AKSW，我找到了使用HyperGraphQL （用于在Web上查询和提供链接数据的GraphQL接口）的不错的解决方案。

我将在此处保留详细答案，这可能会对某人有所帮助。

1. 我下载并设置了HyperGraphQL 下载页面

2. 如本教程所述将其链接到EBI Sparql端点

   我使用的config.json文件：

    { "name": "ebi-hgql", "schema": "ebischema.graphql", "server": { "port": 8081, "graphql": "/graphql", "graphiql": "/graphiql" }, "services": [ { "id": "ebi-sparql", "type": "SPARQLEndpointService", "url": "http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/sparql", "graph": "http://rdf.ebi.ac.uk/dataset/go", "user": "", "password": "" } ] } 

   这是我的ebischema.graphql文件的样子（因为我只需要Class ， id ， label和subClassOf ）：

    type __Context { Class: _@href(iri: "http://www.w3.org/2002/07/owl#Class") id: _@href(iri: "http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id") label: _@href(iri: "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label") subClassOf: _@href(iri: "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf") } type Class @service(id:"ebi-sparql") { id: [String] @service(id:"ebi-sparql") label: [String] @service(id:"ebi-sparql") subClassOf: [Class] @service(id:"ebi-sparql") } 

3. 我开始测试一些简单的查询，但是不断得到空的响应。 这个问题的答案解决了我的问题。

4. 最后，我构造了查询以获取树

   使用此查询：

    { Class_GET_BY_ID(uris:[ "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0032259", "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0007267"]) { id label subClassOf { id label subClassOf { id label } } } } 

   我得到了一些有趣的结果：

    { "extensions": {}, "data": { "@context": { "_type": "@type", "_id": "@id", "id": "http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id", "label": "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label", "Class_GET_BY_ID": "http://hypergraphql.org/query/Class_GET_BY_ID", "subClassOf": "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf" }, "Class_GET_BY_ID": [ { "id": [ "GO:0032259" ], "label": [ "methylation" ], "subClassOf": [ { "id": [ "GO:0008152" ], "label": [ "metabolic process" ], "subClassOf": [ { "id": [ "GO:0008150" ], "label": [ "biological_process" ] } ] } ] }, { "id": [ "GO:0007267" ], "label": [ "cell-cell signaling" ], "subClassOf": [ { "id": [ "GO:0007154" ], "label": [ "cell communication" ], "subClassOf": [ { "id": [ "GO:0009987" ], "label": [ "cellular process" ] } ] }, { "id": [ "GO:0023052" ], "label": [ "signaling" ], "subClassOf": [ { "id": [ "GO:0008150" ], "label": [ "biological_process" ] } ] } ] } ] }, "errors": [] } 

编辑

这正是我想要的，但是我注意到我无法添加另一个这样的子级别：

{
  Class_GET_BY_ID(uris:[
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0032259",
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0007267"]) {
    id
    label
    subClassOf {
      id
      label
      subClassOf {
        id
        label
        subClassOf {  # <--- 4th sublevel
          id
          label
        }
      }
    }
  }
}

我创建了一个新问题： 端点返回Content-Type：text / html，SELECT查询无法识别