遇到R发光错误：非数字矩阵范围

Question

我写了一个Rshiny应用程序。 在这里，用户输入基因列表，然后该应用程序根据它创建一个生物网络。 输入示例如下所示。 该代码可以作为R脚本在Shinyapp中使用。 输入是文本而不是数字。

在这里对SO进行了类似的研究，但没什么用，我的输入是文本。

任何帮助是极大的赞赏。

library(shiny)
library(shinydashboard)
library(STRINGdb)

sidebar <- dashboardSidebar(
sidebarMenu(
menuItem("Analysis", tabName = "analysis")
))

body <- dashboardBody(
tabItems(
# Text Area Input for gene list
tabItem(tabName = "analysis", 
        fluidRow(
          box(
            title = "Input gene list here", status = "warning", width 
            = 6, textAreaInput("title1","",value = "", width = 
            '100%',rows=5),
            actionButton("submit", "Submit")
          )
        ),
        fluidRow(
          box(
            title = "Stirng DB network", status = "warning", width = 8, plotOutput("stringplot")
          )
        )
)))

# User interface --
ui <- dashboardPage(
dashboardHeader(title = "Analysis", titleWidth = 300),
sidebar,
body
)

# Server logic
server <- function(input, output) {
subset_dataset <- eventReactive(input$submit, 
{data.frame(strsplit(input$title1,split='[\r\n]'),col.names='genes')})
output$stringplot <- renderPlot({
string_db <- STRINGdb$new()
mapped_genes <- string_db$map(subset_dataset,subset_dataset()$genes,removeUnmappedRows = TRUE)
hits_2<-mapped_genes$STRING_id
string_db$plot_network(hits_2)})
}

shinyApp(ui = ui, server = server)

输入示例为：

BRAF
NF1
NRAS
ERBB3
FLT3
PIK3CA
PTEN
TP53
CTNNB1
APC
SMAD4
NCOR1

Answer 1

如果将browser()插入eventReactive ，则可以检查data.frame如下所示：

# c..BRAF....NF1....NRAS....ERBB3....FLT3....PIK3CA....PTEN....TP53... col.names
# 1                                                                  BRAF     genes
# 2                                                                   NF1     genes
# 3                                                                  NRAS     genes
# ...

您可以改用以下表达式来解决此问题： data.frame(genes = unlist(strsplit(input$title1,split='[\\r\\n]')))

结果data.frame ：

# genes
# 1    BRAF
# 2     NF1
# 3    NRAS
# ...

我对该程序包不熟悉，但在我看来传递给string_db$map的参数不正确：

• 第一个参数： data.frame 。 在Shiny中传递reactive或eventReactive ，应包括括号（例如： subset_dataset() ）。
• 第二个参数：使用字符串：（例如： "genes" ）

这对我mapped_genes <- string_db$map(subset_dataset(), "genes",removeUnmappedRows = TRUE) ： mapped_genes <- string_db$map(subset_dataset(), "genes",removeUnmappedRows = TRUE)

输出：

奖励：我将req(subset_dataset())添加到renderPlot的第一行，以避免在数据为null时呈现