如何在 R Markdown 中使用 Cairo PNG

Question

使用 Cairo 保存 R 图形有很多优点（ 例如，请参见此处）。 例如，在保存 PDF 时， cairo_pdf设备会正确嵌入自定义字体。

使用带有ggsave()的基于cairo_pdf图形可以轻松使用cairo_pdf图形设备：

library(ggplot2)

ugly_plot <- ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
  geom_point() +
  labs(title = "Some data about cars") +
  theme_gray(base_family = "Papyrus")
ugly_plot

ggsave(ugly_plot, filename = "ugly_plot.pdf", 
       width = 4, height = 2.5, device = cairo_pdf)

在 R Markdown 中使用cairo_pdf设备和 knitr 也很容易——将dev: cairo_pdf添加到 YAML 前端：

---
title: "Cairo stuff"
output:
  pdf_document:
    dev: cairo_pdf
---

```{r make-ugly-plot, fig.width=4, fig.height=2.5}
library(ggplot2)

ugly_plot <- ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
  geom_point() +
  labs(title = "Some data about cars") +
  theme_gray(base_family = "Papyrus")
ugly_plot
```

使用基于开罗的 PNG 也有优势，因为开罗正确处理 DPI 。 如果将正常保存的高DPI的PNG放入Word或PowerPoint文件中，图的尺寸被夸大，不准确。 如果将具有相同高 DPI 的基于开罗的 PNG 放入 Word，则尺寸是正确的：

使用ggsave() ggplot 输出保存为高分辨率开罗 PNG 很容易，但语法与保存为开罗 PDF 略有不同。 我们指定类型而不是指定设备：

ggsave(ugly_plot, filename = "ugly_plot.png", 
       width = 4, height = 2.5, dpi = 300, type = "cairo")

将该文件放在 Word 或 PowerPoint 中效果很好，并且所有内容都以高分辨率正确调整大小。

当编织到 HTML 或 Word 时，这种对尺寸的误解会延续到 R Markdown 中。 在编织时让 knitr 使用type = "cairo"会很棒，但是在 R Markdown 中复制这个dpi = 300, type = "cairo"更困难。 Cairo 库包括Cairo::CairoPNG() ，但ggsave(..., type = "cairo")不使用此设备。 它使用 R 的标准 PNG 设备，但开启了 Cairo 支持。

通过将dpi=300添加到块选项中，使图形高分辨率很容易，但是我无法让 knitr 使用启用type = cairo的内置 PNG 设备。 我尝试天真地将type: cairo添加到 YAML 元数据中，但不出所料，它不起作用。 knitr 生成的 PNG 不使用 Cairo 并且比预期的要大得多（并且在 HTML 和 Word 文档中是巨大的）。

---
title: "Cairo stuff"
output:
  html_document: 
    self_contained: no  # to see resulting figure as a file
    dev: png
    type: cairo  # this doesn't do anything
---

```{r make-ugly-plot, fig.width=5, fig.height=3.5, dpi=300}
library(ggplot2)

ugly_plot <- ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
  geom_point() +
  labs(title = "Some data about cars") +
  theme_gray(base_family = "Papyrus")
ugly_plot
```

---

总之，我正在寻找一种方法来使用您从ggsave(..., filename = "blah.png", dpi = 300, type = "cairo")获得的相同输出。 有没有办法做到这一点？

---
title: "Something"
output:
  pdf_document:
    dev: cairo_pdf  # yay Cairo output
  html_document:  # What needs to go here?
    dev: png
    type: cairo
---

Answer 1

使用knitr选项，而不是 YAML 标头。

您可以使用knitr选项来更改特定设备的类型（Yihui 的推荐）：

knitr::opts_chunk$set(dev.args = list(png = list(type = "cairo")))

或者，您可以根据输出有条件地执行此操作：

if (!knitr::is_latex_output()) {
  knitr::opts_chunk$set(dpi = 300, dev.args = list(type = "cairo"))
})

我现在已经在几个文档中使用了它。 注意：我只将它用于从 R 命令行执行rmarkdown::render(...)文档。

Answer 2

作为使用每个文件顶部的一段代码替代@rmflight 的答案，这可以在 shell 包装器或Makefile ，后者使用rmarkdown::render()的可选参数编​​织 Rmarkdown 文件：

R -e 'rmarkdown::render("foo.Rmd", "pdf_document", output_file="foo.pdf", runtime = "static", output_options = list(dpi = 300, dev.args = list(type = "cairo")))'