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[英]Python: Get a gene from column B with the highest value, from a group of genes related to each gene in column A
[英]Iterating through a series of GenBank genes and appending each gene's features to a list returns only the last gene
我的代码有问题。 我正在尝试使用 BioPython 遍历 genbank 文件的基因列表。 这是它的样子:
class genBank:
gbProtId = str()
gbStart = int()
gbStop = int()
gbStrand = int()
genBankEntries = list()
for seq_record in SeqIO.parse(genBankFile, "genbank"):
for seq_feature in seq_record.features:
genBankEntry = genBank
if seq_feature.type == "CDS":
genBankEntry.gbProtId = seq_feature.qualifiers['protein_id']
genBankEntry.gbStart = seq_feature.location.start # prodigal GFF3 output is 1 based indexing
genBankEntry.gbStop = seq_feature.location.end
genBankEntry.gbStrand = seq_feature.strand
genBankEntries.append(genBankEntry)
看起来它应该可以工作,但是当我运行它时,生成的结构genBankEntries
只是一个巨大的堆栈,大小相当于 genbank 文件中的基因数量,但每个列表元素只有 seq_record.features 中的最终值:
00 = {type} <class '__main__.genBank'>
gbProtId = {list} ['BAA31840.1']
gbStart = {ExactPosition} 90649
gbStop = {ExactPosition} 91648
gbStrand = {int} 1
...
82 = {type} <class '__main__.genBank'>
gbProtId = {list} ['BAA31840.1']
gbStart = {ExactPosition} 90649
gbStop = {ExactPosition} 91648
gbStrand = {int} 1
这尤其令人困惑,因为两个 for 循环似乎都可以正常工作:
for seq_record in SeqIO.parse(genBankFile, "genbank"):
for seq_feature in seq_record.features:
print(seq_feature)
为什么是这样?
您永远不会创建genBank
类的任何实例。 每次循环迭代都在更改genBank
类的类级属性,并且genBank
都将相同的对象添加到列表中。 每次循环都会覆盖上一次循环中的值。
对于内部循环的第一行,添加括号以调用类型并创建genBank
的实例。 它将改为genBankEntry = genBank()
。 这为每次循环创建了一个新的不同对象。
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