[英]Using subprocess.call() within Pycharm Python virtualenv — how to deactivate venv for subprocess
我正在使用Pycharm进行Python开发。 代码在Pycharm venv中运行,我想从该位置调用bash脚本来激活和停用conda环境(此脚本: https : //github.com/lykaust15/DeepSimulator )。
因此,据我所知,当通过subprocess.call subprocess.call()
调用脚本时,我需要停用Pycharm venv。 否则我会出错。 我该怎么做呢?
我的电话是:
result = subprocess.call([deppsim_path, "-i", fasta, "-c", "4",
"-C", "1", "-n", "100",
"-H", os.path.dirname(deppsim_path),
"-o", tmp_path], shell=False)
编辑:
一些错误:
/home/user/path/bin/venv/bin/python /home/user/path/bin/sim_seq.py
Pre-process input genome...
/home/user/path/bin/DeepSimulator/deep_simulator.sh: Zeile 207: deactivate: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
Pre-process input genome done!
Executing the preprocessing step...
Traceback (most recent call last):
File "/home/user/path/bin/DeepSimulator/util/genome_sampling.py", line 5, in <module>
import scipy.stats as st
ImportError: No module named scipy.stats
您始终可以使用python可执行文件的完整路径来调用特定的python安装,包括虚拟环境。 这就是你的答案。 使用要用于运行子流程的实际Python安装中的python二进制文件的完整路径,并且在运行子流程时不会涉及任何虚拟环境。
例如,这是我的系统上的两个Python二进制路径:
> which python
/usr/local/bin/python
> venv development
> which python
/Users/stevenjohnson/envs/development/bin/python
因此, / usr / local / bin / python是我实际的Python 2.7安装, / Users / stevenjohnson / envs / development / bin / python是我的“开发”虚拟环境。 因此,如果我在虚拟环境中运行主程序,但是如果我在子进程调用中调用/ usr / local / bin / python ,则该子进程将使用基本的Python 2.7安装运行。
声明:本站的技术帖子网页,遵循CC BY-SA 4.0协议,如果您需要转载,请注明本站网址或者原文地址。任何问题请咨询:yoyou2525@163.com.