您如何使用循环在多个站点上执行 Mann-kendall 测试？

Question

我刚开始使用 R，想使用 modifiedmk 包对每月地下水位数据进行测试。 我的数据框（GL）看起来像这样

GL

well    year    month   value
684     1994    Jan     8.53
684     1995    Jan     8.74
684     1996    Jan     8.88
684     1997    Jan     8.24
1001    2000    Jan     9.1
1001    2001    Jan     9.2
1001    2002    Jan     9.54
1001    2003    Jan     9.68
2003    1981    Jan     55.2
2003    1982    Jan     55.8
2003    1983    Jan     56.4
2003    1984    Jan     53.2

首先，我创建了一个井列表和一个 results_list 文件，用于打印结果

well_list <- unique(GL$well)
results_list <- vector("list", length(well_list))

然后我创建了我认为是一个循环

for(i in well_list){
  results_list[[grep(i, well_list)]] <- MannKendall(GL[,4])
}
names(results_list) <- well_list

但我一直收到这个错误

Error in Kendall(1:length(x), x) : length(x)<3

我可以让这段代码工作（我从这里的另一篇文章中获取）但我不想执行预白化方法

for(i in well_list){
tempDF <- GL1[GL$well == i, ]
c<-acf(tempDF$value,lag.max=1)
t <- dim(c$acf)
tempDF$prewhit1<-c$acf[[t[1], t[2], t[3]]]*tempDF$value
prewhitseries<-data.frame(with(tempDF,(tempDF$value[-1] - prewhit1[ 
length(prewhit1)])))
autocordata<-cbind(tempDF[-1,],prewhitseries)
results_list[[grep(i, well_list)]] <- MannKendall(autocordata[,5])}
names(results_list) <- well_list

Answer 1

这样的事情应该做。 split()沿着分裂well柱，创建与每个孔的向量的列表。 只保留长度为 3 或更多的向量。 MannKendall()然后，在每个使用剩余矢量的运行lapply()

library(Kendall)

tt <- read.table(text="
well    year    month   value
684     1994    Jan     8.53
684     1995    Jan     8.74
684     1996    Jan     8.88
684     1997    Jan     8.24
1001    2000    Jan     9.1
1001    2001    Jan     9.2
1001    2002    Jan     9.54
1001    2003    Jan     9.68
2003    1981    Jan     55.2
2003    1982    Jan     55.8
2003    1983    Jan     56.4
2003    1984    Jan     53.2
2004    1984    Jan     53.2", header=TRUE)

tt.wells <- split(tt$value, tt$well)
tt.wells <- tt.wells[lengths(tt.wells) >= 3]

lapply(tt.wells, MannKendall)

# $`684`
# tau = 0, 2-sided pvalue =1

# $`1001`
# tau = 1, 2-sided pvalue =0.089429

# $`2003`
# tau = 0, 2-sided pvalue =1

Answer 2

也许使用split/lapply更容易，更易读。

首先，运行测试。

sp <- split(GL, GL$well)
results_list <- lapply(sp, function(DF){
  tryCatch(MannKendall(DF[, 4]),
           error = function(e) e)
})

现在，得到好的，没有错误。

bad <- sapply(results_list, inherits, "error")

并检查它们。

results_list[bad]
#named list()

results_list[!bad]
#$`684`
#tau = 0, 2-sided pvalue =1
#
#$`1001`
#tau = 1, 2-sided pvalue =0.089429
#
#$`2003`
#tau = 0, 2-sided pvalue =1