如何使用 summary_table R qwraps2 创建副标题？
[英]How to create subheadings using summary_table R qwraps2?
问题描述
我想用summary_table 生成一个汇总统计表。 这需要有副标题。
我一直在关注这个例子： https : //cran.r-project.org/web/packages/qwraps2/vignettes/summary-statistics.html
stats_summary1 <-
list("Sex (female)" =
list("number (%)" = ~ qwraps2::n_perc(.data$sex=="F", digits = 1)),
"Age" =
list("min" = ~ min(.data$age_d, digits = 1),
"max" = ~ max(.data$age_d, digits = 1),
"median (IQR)" = ~ qwraps2::median_iqr(.data$age_d, digits = 1)),
"Disease" =
list("A" = ~ qwraps2::n_perc(.data$d==1, digits = 1),
"B" = ~ qwraps2::n_perc(.data$d==2, digits = 1),
"C" = ~ qwraps2::n_perc(.data$d==3, digits = 1),
"D" = ~ qwraps2::n_perc(.data$d==4, digits = 1),
"E" = ~ qwraps2::n_perc(.data$d==5, digits = 1)),
"Disease duration" =
list("min" = ~ min(.data$dis_dur, digits = 1),
"max" = ~ max(.data$dis_dur, digits = 1),
"median (IQR)" = ~ qwraps2::median_iqr(.data$dis_dur, digits = 1))
)
whole <- summary_table(df, stats_summary1)
表格输出不包括副标题，例如“疾病”。 它还生成带有正斜杠的百分比，例如。 65\\%
2 个解决方案
解决方案1
1 2019-11-14 21:30:27
首先，我将创建一个示例数据集以匹配提供的摘要
set.seed(42)
df <- data.frame(sex = sample(c("M", "F"), size = 100, replace = TRUE),
age_d = runif(100, 18, 80),
d = sample(1:5, size = 100, replace = TRUE),
dis_dur = runif(100, 20, 43),
stringsAsFactors = FALSE)
str(df)
#> 'data.frame': 100 obs. of 4 variables:
#> $ sex : chr "M" "M" "M" "M" ...
#> $ age_d : num 56.8 31.5 31.4 42.1 76.4 ...
#> $ d : int 2 1 4 3 5 2 4 2 3 2 ...
#> $ dis_dur: num 33.3 21.7 23.8 37 30.9 ...
加载并附加 qwraps2 命名空间
library(qwraps2)
默认情况下 qwraps2 在 LaTeX 中格式化输出。 要将默认切换到降价设置以下选项
options(qwraps2_markup = "markdown")
更新：从 qwraps2 的 0.5.0 版开始，不再需要或推荐使用.data代词。
stats_summary1 <-
list("Sex (female)" =
list("number (%)" = ~ qwraps2::n_perc(sex=="F", digits = 1)),
"Age" =
list("min" = ~ min(age_d, digits = 1),
"max" = ~ max(age_d, digits = 1),
"median (IQR)" = ~ qwraps2::median_iqr(age_d, digits = 1)),
"Disease" =
list("A" = ~ qwraps2::n_perc(d==1, digits = 1),
"B" = ~ qwraps2::n_perc(d==2, digits = 1),
"C" = ~ qwraps2::n_perc(d==3, digits = 1),
"D" = ~ qwraps2::n_perc(d==4, digits = 1),
"E" = ~ qwraps2::n_perc(d==5, digits = 1)),
"Disease duration" =
list("min" = ~ min(dis_dur, digits = 1),
"max" = ~ max(dis_dur, digits = 1),
"median (IQR)" = ~ qwraps2::median_iqr(dis_dur, digits = 1))
)
whole <- summary_table(df, stats_summary1)
whole
#>
#>
#> | |df (N = 100) |
#> |:-------------------------|:-----------------|
#> |**Sex (female)** | |
#> | number (%) |56 (56.0%) |
#> |**Age** | |
#> | min |1 |
#> | max |77.6816968536004 |
#> | median (IQR) |52.8 (33.7, 64.8) |
#> |**Disease** | |
#> | A |26 (26.0%) |
#> | B |20 (20.0%) |
#> | C |15 (15.0%) |
#> | D |21 (21.0%) |
#> | E |18 (18.0%) |
#> |**Disease duration** | |
#> | min |1 |
#> | max |42.5464100171812 |
#> | median (IQR) |31.0 (25.1, 35.8) |
这可以解决百分比符号上的正斜杠问题（LaTeX 需要转义）。 确保您设置了results = "asis"块选项，以便表格在您的最终文档中呈现得很好。
对于省略的副标题， qwraps2_summary_table对象是一个字符矩阵，具有相应的类属性设置，并具有附加属性rgroups ，打印方法使用它来正确格式化输出。
str(whole)
#> 'qwraps2_summary_table' chr [1:12, 1] "56 (56.0%)" "1" "77.6816968536004" ...
#> - attr(*, "dimnames")=List of 2
#> ..$ : chr [1:12] "number (%)" "min" "max" "median (IQR)" ...
#> ..$ : chr "df (N = 100)"
#> - attr(*, "rgroups")= Named int [1:4] 1 3 5 3
#> ..- attr(*, "names")= chr [1:4] "Sex (female)" "Age" "Disease" "Disease duration"
#> - attr(*, "n")= int 100
由reprex 包(v0.3.0) 于 2020 年 9 月 14 日创建
devtools::session_info()
#> ─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────
#> setting value
#> version R version 4.0.2 (2020-06-22)
#> os macOS Catalina 10.15.6
#> system x86_64, darwin17.0
#> ui X11
#> language (EN)
#> collate en_US.UTF-8
#> ctype en_US.UTF-8
#> tz America/Denver
#> date 2020-09-14
#>
#> ─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
#> package * version date lib source
#> assertthat 0.2.1 2019-03-21 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> backports 1.1.9 2020-08-24 [1] CRAN (R 4.0.2)
#> callr 3.4.4 2020-09-07 [1] CRAN (R 4.0.2)
#> cli 2.0.2 2020-02-28 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> crayon 1.3.4 2017-09-16 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> desc 1.2.0 2018-05-01 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> devtools 2.3.1 2020-07-21 [1] CRAN (R 4.0.2)
#> digest 0.6.25 2020-02-23 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> ellipsis 0.3.1 2020-05-15 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> evaluate 0.14 2019-05-28 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> fansi 0.4.1 2020-01-08 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> fs 1.5.0 2020-07-31 [1] CRAN (R 4.0.2)
#> glue 1.4.2 2020-08-27 [1] CRAN (R 4.0.2)
#> highr 0.8 2019-03-20 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> htmltools 0.5.0 2020-06-16 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> knitr 1.29 2020-06-23 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> magrittr 1.5 2014-11-22 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> memoise 1.1.0 2017-04-21 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> pkgbuild 1.1.0 2020-07-13 [1] CRAN (R 4.0.2)
#> pkgload 1.1.0 2020-05-29 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> prettyunits 1.1.1 2020-01-24 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> processx 3.4.4 2020-09-03 [1] CRAN (R 4.0.2)
#> ps 1.3.4 2020-08-11 [1] CRAN (R 4.0.2)
#> qwraps2 * 0.5.0 2020-08-31 [1] local
#> R6 2.4.1 2019-11-12 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> Rcpp 1.0.5 2020-07-06 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> remotes 2.2.0 2020-07-21 [1] CRAN (R 4.0.2)
#> rlang 0.4.7 2020-07-09 [1] CRAN (R 4.0.2)
#> rmarkdown 2.3 2020-06-18 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> rprojroot 1.3-2 2018-01-03 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> sessioninfo 1.1.1 2018-11-05 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> stringi 1.5.3 2020-09-09 [1] CRAN (R 4.0.2)
#> stringr 1.4.0 2019-02-10 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> testthat 2.3.2 2020-03-02 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> usethis 1.6.1 2020-04-29 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> withr 2.2.0 2020-04-20 [1] CRAN (R 4.0.0)
#> xfun 0.17 2020-09-09 [1] CRAN (R 4.0.2)
#> yaml 2.2.1 2020-02-01 [1] CRAN (R 4.0.0)
#>
#> [1] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library
解决方案2
0 2019-08-26 09:31:31
由于未提供您的data因此您的示例无法真正重现。
对我有用的是以下内容：
我没有使用
qwraps2的汇总统计参数，而是使用carpenter包中的参数。 这是因为在通过bookdown包呈现的 PDF 文档中，qwraps2::mean_sd()将“±”符号呈现为±在表中。 相反，carpenter::stat_meanSD()避免使用“±”符号并使用括号代替 SD。 如果您更喜欢“±”符号，您可以使用paste()做另一种解决方法。在您的示例中，
qwraps2忽略了诸如Sex (female)、Age等顶级标题的事实非常烦人。 我的解决方法是通过kableExtra包手动重新引入这些标题。 在你的例子中，这将是这样的：
.
options(qwraps2_markup = "markdown")
summary_table(df, stats_summary1) %>%
kableExtra::pack_rows("Sex (female)", 1, 1) %>%
kableExtra::pack_rows("Age", 2, 4) %>%
kableExtra::pack_rows("Disease", 5, 9) %>%
kableExtra::pack_rows("Disease duration", 10, 12)
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“错误：`x` 必须是一个公式”与 qwraps2 summary_table 函数
[英]"Error: `x` must be a formula" with qwraps2 summary_table function
使用 qwraps2 summary_table 函数获取“错误：`x` 必须是一个公式”
[英]Getting "Error: `x` must be a formula" with qwraps2 summary_table function
在 qwraps2 中使用 summary_table 时出错。 不正确的数据框？
[英]Error when using summary_table in qwraps2. Not correct data.frame?
带有 stargazer() 的汇总表，qwraps2() 生成 \$\textbackslash pm\$
[英]Summary table with stargazer(), qwraps2() generates \$\textbackslash pm\$
表 R Markdown qwraps2 和 knitr::kable。 列丢失
[英]Table R Markdown qwraps2 and knitr::kable. Column missing
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