[英]How to use image() function to plot the data in R
我有一个临床数据集,我想使用image()
函数对其进行绘制,以查看是否可以找出数据中的不同组。
该数据的结构是List of 2
:56个样品和5000的基因表达。
当我使用image(lung)
,只看到一小块橙色,而看不到任何图案或任何组对我来说很突出。
基本上,数据集中有四种类型的临床病症:结肠癌(13个样本),小细胞(6个样本)等。
我想看看,例如,与该数据集中的其他组/条件相比,带有6个样本的```smallcell''具有其自身的模式。
load(url("https://github.com/hughng92/dataset/raw/master/lung.RData"))
rownames(lung)
image(lung)
我想知道是否可以从数据集中组合这4个条件的四个不同的图,所以它看起来会有所不同。
任何提示都很棒!
建议将类似类型重新排列后再查看图像输出。 我想我现在在那些基因表达谱中看到了一些群体差异。 具体来说,“正常”类别通常具有较少的红色条带,尽管有些夫妇的“正常”为红色,而其他不是。 我认为有趣的是,与每种肿瘤类型相比,正常列(图像中)的变异性似乎要小,并且并不特别令人惊讶。 我有一位朋友是分子生物学家,他将肿瘤描述为“遗传性火车残骸”:
table( rownames( lung[order(rownames(lung)), ]))
Carcinoid Colon Normal SmallCell
20 13 17 6
image( lung[order(rownames(lung)), ])
这将更好地指示类型分组的边界:
image( lung[order(rownames(lung)), ], xaxt="n")
axis(1, at=(cumsum( table( rownames( lung[order(rownames(lung)), ])))-1)/56 ,
labels=names(table( rownames( lung[order(rownames(lung)), ]))),las=2)
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