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组合重叠组以包括在R中的小提琴情节/箱形图中

[英]Combining overlapping groups to include in violin plot/box plot in R

我正在使用iris数据集来处理以下代码。 我想绘制一个小提琴图,只包括setosa种类,并在子组数据上做一些复杂的重叠组合。

具体来说,在x轴上,我想首先将连续的Sepal.Length数据分成组:A组= Sepal.Length <4.7,B组= Sepal.Length 4.7-5,C组= Sepal.Length 5 - 5.2和D组= Sepal.Length> 5.2。

然后,我想在x轴上绘制四个小提琴/盒子,单个/重叠组:“B”,“A + C”,“D”,“A + C + D”。 y轴简直就是“Petal.Length”。

我还包括显示每个小提琴的样本大小(n)的代码。

我将不胜感激任何建议。 谢谢。

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
# Define order of violins on x-axis.
order <- c("B", "AC", "D", "ACD")
# Function to display sample size (n) for each violin.
give.n <- function(x){return(c(y = min(Petal.Length), label = length(x)))}
iris %>% 
  filter(Species == "setosa") %>% 
  mutate(sub_a = case_when( Sepal.Length < 4.7~"A",
                        Sepal.Length < 5~ "B",
                        Sepal.Length < 5.2~ "C",
                        TRUE~"D")) %>% 
  mutate(collapsed = c((ifelse(sub_a %in% c("A", "C"), "AC", sub_a)), (ifelse(sub_a %in% c("AC", "D"), "ACD", sub_a)))) %>% 
  ggviolin(iris[iris$Species == "setosa", ], x=collapsed, y=Petal.Length) + scale_x_discrete(limits=order) + stat_summary(fun.data = give.n, geom = "text")

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请参阅下面的预期结果。 请注意,每个小提琴下方的数字都是准确的。 图像的其余部分只是预期结果的一个例子。

在此输入图像描述

我无法看到如何将其作为单链实现,但这是一个使用cut然后bind_rows的强力解决方案

setosa <- iris %>% filter(Species == "setosa")  %>% 
  mutate(group = cut(Sepal.Length, breaks = c(0, 4.7, 5, 5.2, Inf), labels = c("A", "B", "C", "D"), right = FALSE))

bind_rows(B = setosa %>% filter(group == "B"),
          AC =  setosa %>% filter(group %in% c("A", "C")),
          D =  setosa %>% filter(group == "D"),
          ACD = setosa %>% filter(group %in% c("A", "C", "D")),
          .id = "group2"
          ) %>% 
  mutate(group2 = factor(group2, levels = c("B", "AC", "D", "ACD"))) %>% 
  ggplot(aes(x = group2, y = Petal.Length)) + 
  geom_violin()

暂无
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