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[英]Efficient way to count the change of values between 2 or more matrix or vectors
[英]Efficient way to obtain matrix with pairwise maximum between two values
我想创建一个矩阵,该矩阵对于条目i,j
返回D[i,1]
和D[j,1]
之间的最大值。
我有一个数字向量,可以将MWE中的数字简化为:
set.seed(10)
n <- 2000
D <- matrix(runif(n,0,100), ncol=1)
在Base R中使用double for循环,效率极低:
X <- Matrix::Matrix(0, nrow = n, ncol = n, sparse = T)
for (i in 1:n) {
for (j in 1:n) {
X[i,j] <- max(D[i,1], D[j,1])
}
}
我也尝试过dplyr :
library(dplyr)
X <- tibble(i = 1:n, D = D)
X <- expand.grid(i = 1:n, j = 1:n)
X <- X %>%
as_tibble() %>%
left_join(X, by = "i") %>%
left_join(X, by = c("j" = "i")) %>%
rowwise() %>%
mutate(D = max(D.x, D.y)) %>%
ungroup()
它会返回Error: std::bad_alloc
然后我才能执行X <- Matrix::Matrix(X$D, nrow = n, ncol = n, sparse = T)
我的最后尝试是在Windows下也可以使用RcppArmadillo :
#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
arma::mat pairwise_max(arma::mat x, arma::mat y) {
// Constants
int n = (int) x.n_rows;
// Output
arma::mat z(n,n);
// Filling with ones
z.ones();
for (int i=0; i<n; i++)
for (int j=0; j<=i; j++) {
// Fill the lower part
z.at(i,j) = std::max(y(i,0), y(j,0));
// Fill the upper part
z.at(j,i) = z.at(i,j);
}
return z;
}
它几乎可以完美地工作,但是我很确定我没有看到使用base R的有效方法。
在基数R中,我会做
D2 <- drop(D)
X2 <- outer(D2, D2, pmax)
这是double for循环的约20倍。
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