如何聚合 conda 环境？

Question

我正在尝试提供一个已经设置的项目及其依赖库。

两者都使用 miniconda 来定义库。

这是一个初始脚本：

#!/bin/bash

project_home_path=`dirname $( cd "$(dirname "$0")" ; pwd -P )`
source /home/${USER}/miniconda/etc/profile.d/conda.sh
conda env create -f ${project_home_path}/environment.yml > /dev/null 2>&1
conda activate <env-name>
/home/${USER}/miniconda/bin/app.py & echo $! > /tmp/env-name.pid

这不起作用，因为conda activate <env-name>行无法激活并使所需的库可用。

在阅读了文档 [1] 之后，这个脚本被充实了。

#!/bin/bash

project_home_path=/home/${USER}/folder
source /home/${USER}/miniconda/etc/profile.d/conda.sh
conda env create --force -f ${project_home_path}/project/environment.yml  > /dev/null 2>&1
conda env create --force -f ${project_home_path}/library/environment.yml > /dev/null 2>&1
conda env export -n <project-env> > /tmp/env.yml
conda env update -n base -f /tmp/env.yml > /dev/null 2>&1
conda env export -n <library-env> > /tmp/env.yml
conda env update -n base -f /tmp/env.yml > /dev/null 2>&1
cd /home/${USER}/folder/library && python setup.py install
cd /home/${USER}/folder/project && python setup.py install

这确实执行了生产和工作所需的聚合，但我想知道如何更好地降低它。

[1] https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/tasks/manage-environments.html

Answer 1

1. 创建一个包含您需要的所有库和包的环境。
2. conda env export -n MyOneEnvironment -f everything.yml

然后进行配置：

• conda env create -n TheNewEnvironment -f everything.yml
• conda activate TheNewEnvironment
• 安装任何你需要的不是 conda 包的东西

配置后，每次要在该环境中运行程序时，都需要重复conda activate命令。

在您的第二个脚本示例中，您将从 yml 文件创建两个环境，只是为了重新导出已安装包的列表，然后将它们安装到基本环境中。 所以你总共搞乱了三个环境。

如果要求您必须将内容安装到 conda 基础环境中，则收集一个包含所需everything.yml文件，并使用conda env update -n base --file everything.yml 。
但是，以这种方式污染基地环境是一个坏主意。 如果您需要为项目或程序安装先决条件，那么您应该为此创建一个专用的 conda 环境，而不要理会基础环境。 然后，您可以将任意数量的项目和程序安装到单独的环境中，而不会相互干扰。