h5py.File函数为mpi4py抛出NameError

Question

我正在使用h5py和mpi4py。 我正在阅读h5文件，其中包含h5py.File(fname, 'w', driver='mpio', comm=MPI.COMM_WORLD)但我收到了一个N​​ameError。

我检查了错误来源的源代码，它需要h5py.h5.get_config().mpi为True才能导入mpi4py。 但它设置为False。 我安装了mpi4py，效果很好。

问题开始时我更新了numpy，我试图回到以前的版本，但它没有解决问题。 在此更新之前，我对h5py没有任何问题

完整的消息错误是：

  File "main.py", line 87, in <module>
    memory = H5_memory(MEM_SIZE, STATE_SHAPE , fname)
  File "/My/work/dir/memory.py", line 185, in __init__
    self.f = h5py.File(fname, 'w', driver='mpio', comm=MPI.COMM_WORLD)
  File "/home/miniconda/envs/lib/python3.5/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 270, in __init__
    fapl = make_fapl(driver, libver, **kwds)
  File "/hom/miniconda/envs/lib/python3.5/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 73, in make_fapl
    kwds.setdefault('info', mpi4py.MPI.Info())
NameError: name 'mpi4py' is not defined

你对如何解决这个问题有任何想法吗？ 我没有找到任何可以帮助我在线的答案。

谢谢

Answer 1

查看h5py的安装文档 ，看起来安装具有MPI支持的HDF5库的并行版本是一个选项，因此您可能在没有该选项的情况下安装它或者错误配置了环境变量，例如HDF5_MPI=ON 。