如何使用R中的plot_grid（）函数绘制几个seqplots（TraMineR包）？

Question

我试图使用plot_grid()函数TraMineR使用TraMineR包创建的几个“状态序列对象”图。 我的主要问题是，我无法将使用seqplot()函数创建的图存储在列表中。 我的问题不在于如何定位图例或“子”图，而是关于如何在网格中实际绘制seqplots。

我将ggscatter图存储在一个列表中，然后将该列表传递给plot_grid（）函数 - 所以我相对肯定这一点是有效的。 我认为问题主要是seqplot()产生的对象类型。 我尝试使用as.ggplot()函数存储图，但这不起作用（下面的示例A）。

使用recordPlot()函数或多或少有效。 虽然它看起来不太好（下面的例子B + C）。

library(TraMineR)
library(ggplotify)

data(biofam)
biofam.lab <- c("Parent", "Left", "Married", "Left+Marr",
                "Child", "Left+Child", "Left+Marr+Child", "Divorced")
biofam.seq <- seqdef(biofam[1:600,], 10:25, labels=biofam.lab)

# Example A ---------------------------------------------------------------

# not even able to store the plot
plot.list <- list()
plot.list[[1]] <- as.ggplot(seqplot(biofam.seq, type = "I", with.legend = FALSE, sortv = "from.start"))

# Example B and C ---------------------------------------------------------

plot.list <- list()
seqplot(biofam.seq, type = "I", with.legend = FALSE, sortv = "from.start")
plot.list[[1]] <- recordPlot()
seqplot(biofam.seq, type = "I", with.legend = FALSE, sortv = "from.start")
plot.list[[2]] <- recordPlot()
seqplot(biofam.seq, type = "I", with.legend = FALSE, sortv = "from.start")
plot.list[[3]] <- recordPlot()
seqplot(biofam.seq, type = "I", with.legend = FALSE, sortv = "from.start")
plot.list[[4]] <- recordPlot()

# Example B

plot_grid(plotlist = plot.list, ncol = 2)

# Example C

plot_grid(
  plot_grid(plotlist = plot.list, ncol = 2),
  plot_grid(plotlist = plot.list, ncol = 2)
)

我希望相对自由地定位我想要在网格中绘制的实际元素。 例如，我想在一个5 x 3网格中保存一个包含13个这样的图和一个图例的页面 - 如示例中所示。 这就是为什么我认为与plot_grid（）相比，例如par(mfrow = c(5,3))更好。 另外，使用par()我得到“plot.new（）中的错误：数字边距太大”。

Answer 1

seqplot内部使用基础plot 。 因此，绘制多个图形可以更好地适应layout 。 您只需制作一个布局矩阵并绘制一个接一个的图。 传说seqlegend也可以视为情节。 这里有一个包含数据的示例和带有图例的四个图。

layout(matrix(c(1, 2, 2, 3:5), ncol=3, byrow=TRUE))
layout.show(5)  # this line is just to get the preview below where the plots will be placed

seqplot(biofam.seq, type="I", with.legend=FALSE, sortv="from.start")
seqlegend(biofam.seq, cex=.9, ncol=5, position="bottom")  # legend
seqplot(biofam.seq, type="I", with.legend=FALSE, sortv="from.start")
seqplot(biofam.seq, type="I", with.legend=FALSE, sortv="from.start")
seqplot(biofam.seq, type="I", with.legend=FALSE, sortv="from.start")

产量

当然，为了获得正确的尺寸，请使用例如pdf或png设备，因为在这个答案中有很好的解释。