[英]Bayesian Beta regression Model — Error in jags: Invalid parent value
我试图通过R在尖齿中运行贝叶斯池化模型并收到错误消息
我从遇到类似问题的人那里发现,它可能由先验值,负值,对数的对数,语法错误等触发。我已经消除了所有这些问题,但错误仍然存在。
## just for the prediction
pred.jac <- seq(min(test.bayes$Latitude), max(test.bayes$Latitude), 10)
data = list(
jac = test.bayes$Jaccard,
lat = test.bayes$Latitude,
pred.jac = pred.jac)
inits = list(
list(alpha = 1, beta = 2.5, sigma = 50),
list(alpha = 2, beta = 1.5, sigma = 20),
list(alpha = 3, beta = 0.75, sigma = 10))
{
sink("BetaPooledJAGS.R")
cat("
model{
# priors
alpha ~ dnorm(0, 0.0001)
beta ~ dnorm(0, 0.0001)
sigma ~ dunif(0, 10)
# likelihood
for (i in 1:length(jac)) {
mu[i] <- alpha + beta * lat[i]
a[i] <- ((1 - mu[i]) / (sigma^2) - 1 / mu[i]) * mu[i]^2
b[i] <- alpha * (1 / mu[i] - 1)
jac[i] ~ dbeta(a[i], b[i])
}
# predicted jaccard as derived quantities
for (i in 1:length(pred.jac)) {
mu_pred[i] <- alpha + beta * lat[i]
mu_pred1[i] <- exp(mu_pred[i])
}
}
",fill = TRUE)
sink()
}
n.adapt = 3000
n.update = 5000
n.iter = 5000
jm.pooled = jags.model(file="BetaPooledJAGS.R", data = data, n.adapt = n.adapt, inits = inits, n.chains = length(inits))
运行代码时,出现以下错误:
jags.model中的错误(文件=“ BetaPooledJAGS.R”,数据=数据,n.adapt = n.adapt ,:节点jac [1]中的错误父值无效
这是指向我的数据子集的链接。
如果lat为正数,则使用这些缩写的b
将得到b
负值,并且在beta分布,JAGS和更常见的情况下b
必须> 0。
例如,使用inits[[1]]
缩写:
mu = 1 + 2.5*lat
假设lat
为正,则mu > 1
b = 1 * (1/mu-1)
并且如果mu>1
则1/mu < 1
mu>1
,所以1/mu - 1 < 0
。
因此b = 1*-ve
所以b<0
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