无法在 EC2 上的 virtualenv 中 pip 安装包

Question

我在 ec2 上看到了这个奇怪的问题。 我正在尝试在我的 virtualenv 中安装lsm-db包，它说它已成功安装，但是在尝试导入包或执行pip list它不存在。

我创建了这个 virtualenv

virtualenv -p python3.6 venv
source venv/bin/activate

然后运行which python和which pip在venv显示正确的<path-to-my-project>/venv/bin/pip 。 然后我运行pip install -r requirements.txt其中包含sqlalchemy和lsm-db 。 显示警告

WARNING: Building wheel for lsm-db failed: [Errno 13] Permission denied: '/home/ec2-user/.cache/pip'
  WARNING: Building wheel for sqlalchemy failed: [Errno 13] Permission denied: '/home/ec2-user/.cache/pip'
Failed to build lsm-db sqlalchemy
Installing collected packages: sqlalchemy, flask-sqlalchemy, lsm-db, MarkupSafe, click
  Running setup.py install for sqlalchemy ... done
  Running setup.py install for lsm-db ... done
Successfully installed MarkupSafe-1.1.1 click-7.0 flask-sqlalchemy-2.4.0 lsm-db-0.6.4 sqlalchemy-1.3.5

尽管有警告，最后一行显示它们已正确安装。 然而，他们不是。 运行 pip install lsm-db 给出

▶ pip install lsm-db
WARNING: The directory '/home/ec2-user/.cache/pip/http' or its parent directory is not owned by the current user and the cache has been disabled. Please check the permissions and owner of that directory. If executing pip with sudo, you may want sudo's -H flag.
WARNING: The directory '/home/ec2-user/.cache/pip' or its parent directory is not owned by the current user and caching wheels has been disabled. check the permissions and owner of that directory. If executing pip with sudo, you may want sudo's -H flag.
Collecting lsm-db
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/17/f2/dc68ecdece424eb206c42b8db924c5a7f6dd97d26df42a1c9fb41a6fe555/lsm-db-0.6.4.tar.gz (316kB)
     |████████████████████████████████| 317kB 14.7MB/s
Building wheels for collected packages: lsm-db
  WARNING: Building wheel for lsm-db failed: [Errno 13] Permission denied: '/home/ec2-user/.cache/pip'
Failed to build lsm-db
Installing collected packages: lsm-db
  Running setup.py install for lsm-db ... done
Successfully installed lsm-db-0.6.4

它再次显示它已安装，但事实并非如此。 不在 pip 列表中，无法在 Python 中导入。 这里发生了什么？ 为什么我在virtualenv看到权限问题？ 如果这是一个潜在的问题，我没有使用 sudo 创建virtualenv 。 是否与我安装virtualenv的方式有关？

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编辑

我更改了权限并使用sudo yum install python36-pip重新sudo yum install python36-pip 。 现在我看到了这个......抱歉，这似乎是一个新问题

Running setup.py install for lsm-db ... error
    ERROR: Complete output from command /home/ec2-user/<project>/venv/bin/python3.6 -u -c 'import setuptools, tokenize;__file__='"'"'/tmp/pip-install-bhhmd3j8/lsm-db/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record /tmp/pip-record-__gotpo6/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /home/ec2-user/<project>/venv/include/site/python3.6/lsm-db:
    ERROR: /tmp/pip-install-bhhmd3j8/lsm-db/setup.py:11: UserWarning: Cython not installed, using pre-generated C source file.
      warnings.warn('Cython not installed, using pre-generated C source file.')
    running install
    running build
    running build_ext
    building 'lsm' extension
    creating build
    creating build/temp.linux-x86_64-3.6
    creating build/temp.linux-x86_64-3.6/src
    gcc -pthread -Wno-unused-result -Wsign-compare -DDYNAMIC_ANNOTATIONS_ENABLED=1 -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC -I/usr/include/python3.6m -c lsm.c -o build/temp.linux-x86_64-3.6/lsm.o
    lsm.c:32:20: fatal error: Python.h: No such file or directory
     #include "Python.h"
                        ^
    compilation terminated.
    error: command 'gcc' failed with exit status 1
    ----------------------------------------
ERROR: Command "/home/ec2-user/<project>/venv/bin/python3.6 -u -c 'import setuptools, tokenize;__file__='"'"'/tmp/pip-install-bhhmd3j8/lsm-db/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record /tmp/pip-record-__gotpo6/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /home/ec2-user/<project>/venv/include/site/python3.6/lsm-db" failed with error code 1 in /tmp/pip-install-bhhmd3j8/lsm-db/

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编辑

谢谢指点，现在我在ec2上安装了python开发包，再次尝试安装lsm-db

> sudo yum install python36-devel
...
> pip install lsm-db
Collecting lsm-db
  Using cached https://files.pythonhosted.org/packages/17/f2/dc68ecdece424eb206c42b8db924c5a7f6dd97d26df42a1c9fb41a6fe555/lsm-db-0.6.4.tar.gz
Building wheels for collected packages: lsm-db
  Building wheel for lsm-db (setup.py) ... done
  Stored in directory: /home/ec2-user/.cache/pip/wheels/ed/32/8a/b0f3aa15b68f1e6b8f2dcc6285de4796b6b58af71c5f280f48
Successfully built lsm-db
Installing collected packages: lsm-db
Successfully installed lsm-db-0.6.4

再次，它表明它是成功的， which python python 在我的 venv 中为我提供了正确的 python。 但是，我的结果与开头完全相同， pip list没有lsm-db ，我无法在 python 中导入它。

这完全是 ec2 的问题，我可以在我的 mac 上的 virtualenv 中成功使用lsm-db 。 这里ec2上的virtualenv肯定有问题，为什么venv中正确的pip不能在venv中安装包？？ 我完全迷失了。 有经验的朋友请指教！

（为了解决这个问题，我在我的代码中从sqlitedict lsm-db切换到sqlitedict 。安装sqlitedict没有问题，所以它可以将怀疑范围缩小到lsm-db特定的问题。）

2016 年的这个问题与我的更相似，但没有结论为什么或任何解决方案。 Pip 说 pymongo 已安装，但未将其显示为已安装

另一个可能相关的问题： Amazon EC2 virtualenv: pip 说它安装了 numpy 但 python 找不到它

Answer 1

问题似乎与系统文件权限有关。 您可以使用以下命令从终端检查文件夹“/home/ec2-user/.cache/pip”的其他用户的 owner:group 以及rwx权限：

ls -lh /home/ec2-user/.cache/pip

要更改文件夹的所有者，请使用命令：

须藤 chown -R ec2-user /home/ec2-user/.cache/pip

另一种解决方法是通过以下方式允许所有用户拥有 rwx 权限：

须藤 chmod -R 777 /home/ec2-user/.cache/pip