R knitr：将 spin() 与 R 和 Python 代码一起使用

Question

随着reticulate的出现，将 R 和 Python 组合在一个单一的文件中。Rmd 文档在 R 社区（包括我自己）中变得越来越流行。 现在，我的个人工作流程通常从 R 脚本开始，在某些时候，我使用knitr::spin()和 plain.R 文档作为输入创建一个可共享的报告，以避免代码重复（另请参阅Knitr 的最佳隐藏宝石：旋转以获取有关该主题的更多信息）。

但是，一旦 Python 代码参与我的分析，我目前被迫中断此工作流程并在编译报告之前手动将我的 initial.R 脚本转换（即复制和粘贴）为.Rmd。 我想知道，是否有人知道是否有可能——或者就此而言，是否有可能使knitr::spin()与 R 和 Python 代码块一起工作在一个单一的.ZE1E1D3D40573127D69EE 文件中？ 我的意思是，就像它在混合两种语言并在它们之间交换对象时一样，在一个 .Rmd 文件中。 至少据我所知，目前不可能添加类似engine = 'python'东西来旋转文档。

Answer 1

使用reticulate::source_python可能是一种解决方案。

例如，这是一个简单的.R 脚本，它将被旋转到.Rmd，然后渲染到.html

旋转我.R

#'---
#'title: R and Python in a spin file.
#'---
#'
#' This is an example of one way to write one R script, containing both R and
#' python, and can be spun to .Rmd via knitr::spin.
#'
#+ label = "setup"
library(nycflights13)
library(ggplot2)
library(reticulate)
use_condaenv()

#'
#' Create the file flights.csv to
#'
#+ label = "create_flights_csv"
write.csv(flights, file = "flights.csv")

#'
#' The file flights.py will read in the data from the flights.csv file.  It can
#' be evaluated in this script via source_python().  This sould add a data.frame
#' called `py_flights` to the workspace.
source_python(file = "flights.py")

#'
#' And now, plot the results.
#'
#+ label = "plot"
ggplot(py_flights) + aes(carrier, arr_delay) + geom_point() + geom_jitter()


# /* spin and knit this file to html
knitr::spin(hair = "spin-me.R", knit = FALSE)
rmarkdown::render("spin-me.Rmd")
# */

python 文件是

航班.py

import pandas
py_flights = pandas.read_csv("flights.csv")
py_flights = py_flights[py_flights['dest'] == "ORD"]
py_flights = py_flights[['carrier', 'dep_delay', 'arr_delay']]
py_flights = py_flights.dropna()

结果的屏幕截图。html 是：

编辑如果必须将所有内容保存在一个文件中，那么在source_python调用之前，您可以创建一个 python 文件，例如，

pycode <-
'import pandas
py_flights = pandas.read_csv("flights.csv")
py_flights = py_flights[py_flights["dest"] == "ORD"]
py_flights = py_flights[["carrier", "dep_delay", "arr_delay"]]
py_flights = py_flights.dropna()
'
cat(pycode, file = "temp.py")
source_python(file = "temp.py")

我的意见：在自己的文件中包含 python 代码比在 R 脚本中创建代码更好，原因有二：

1. 更容易重用 python 代码
2. 我的 IDE 代码中的语法突出显示在 python 代码写为字符串而不是在其自己的文件中时丢失。