如何修复 R heatmaply() 中的“因子级别重复”错误？

Question

我正在尝试根据该矩阵制作热图：

  1     2     3     4     5     6     7
C  6211  7608  8089 10514  7363  5375  7268
L  2459  2904  2573  3049  2221  1652  2311
N  3173  4213  3025  4324  2864  1524  2363
S    37    74   141    94    68    48    88
W  1223  1259   914  1691   874   607   912

我做到了：

c1 <- table(kat_data$delay_code, kat_data$DayOfWeek)
c1 <- as.matrix(c1)
c1

现在我正在尝试使用heatmaply()制作热图，但出现错误：

级别错误<-( tmp `, value = as.character(levels))：因子级别 [6] 重复

部分热图代码如下：

p<-heatmaply(c1, 
             dendogram = "none", 
             xlab = "", ylab = "", 
             main = "",
             scale = "column", 
             margins =c(60,100,40,20),............

我应该怎么做才能让它工作？ 我阅读了很多关于该错误的问题，我发现我需要提供独特的数据，但我不知道在哪里以及如何做到这一点。 请你帮助我好吗？

Answer 1

我们可以将其转换为data.frame并且错误会 go 消失，因为这是data.frame中不允许的重复行名的情况

library(heatmaply)
heatmaply(as.data.frame.matrix(table(mtcars[c('cyl', 'vs')])))

另外，提到通过包装as.matrix ， table class 仍然存在

m1 <- as.matrix(table(mtcars[c('cyl', 'vs')]))
str(m1)
# 'table' int [1:3, 1:2] 1 3 14 10 4 0
# - attr(*, "dimnames")=List of 2
#  ..$ cyl: chr [1:3] "4" "6" "8"
#  ..$ vs : chr [1:2] "0" "1"

这正在造成问题，因为?heatmaply建议“x”是

x- 可以是热图 object，也可以是数字矩阵 默认为 TRUE，除非 x 包含任何 NA。

因此，我们可以将class转换为matrix

class(m1) <- "matrix"

现在，它应该工作

heatmaply(m1)

---

请注意， table或matrix object 都可能导致与 OP 帖子中类似的错误

heatmaply(table(mtcars[c('cyl', 'vs')]))

levels<- ( *tmp* , value = as.character(levels))：因子级别 [4] 重复

heatmaply(as.matrix(table(mtcars[c('cyl', 'vs')])))

levels<- ( *tmp* , value = as.character(levels))：因子级别 [4] 重复