R 中的 read.table() 没有读取所有列

Question

我知道已经有一些相关的答案，但我的文件处理起来更复杂，感谢您的帮助！

要读取 following.txt 文件的所有列：

 chr1 123456 A G "exonic" "geneA" "nonsynonymous SNV" "CNTN5:NM_175566:exon11:c.A1366G:p.I456V,CNTN5:NM_001243270:exon13:c.A1588G:p.I530V" "0.1004" 10.68 . . 0.2023 0.3004 2.091
 chr2 345678 A C "intronic" "geneB" . . 0.06 12.04 . . 0.5046 0.1004 8.046

棘手的是 txt 文件中的列的值要么用 "" 引用，要么没有 "" 字符

当我尝试

d <- read.table("my.txt",header = F)

它只读取 10 列，而原始文件有 15 列，

我检查了原始文件，在阅读过程中恰好遗漏了最后五列

在此示例中，缺少的列是

. . 0.2023 0.3004 2.091
. . 0.5046 0.1004 8.046

然后我尝试了

d2 <- read.table("my.txt",quote = "",header = F)

然后它警告“第 1 行没有 15 个元素

我想正确读取所有数据（行和列），我应该如何实现这一目标？

谢谢！ 我很感激你的回答！

Answer 1

您不必手动添加列。 阅读时尝试fill=TRUE选项：

read.table("mytxt.txt",header=FALSE,fill=TRUE)