如果该行包含sed / awk或bash的特定单词，同时又保持白色间距，如何更改列中的值？

Question

我有一个pdb看起来像：

ATOM      1  P     A 2   1     224.160 179.728 151.662  1.00 40.00           P  
ATOM      2  OP1   A 2   1     225.507 179.132 151.738  1.00 40.00           O  
ATOM      3  CA    A 2   1     223.640 180.497 152.816  1.00 40.00           O  
ATOM      4  O5'   A 2   1     224.374 180.738 150.465  1.00 40.00           O 

如果行包含原子CA，我想将第11列更改为1.0000，并将这些更改保存在同一文件中。

如何使用sed，awk或bash做到这一点，以使列之间保持相同的间距？ 谢谢

Answer 1

Awk会做的。

awk '$1  == "ATOM" && $3 == "CA" { $11 = 1.0 } { print }' <infile > outfile

Google awk了解更多信息，因为这是值得学习的基本工具

假定固定宽度的列（如以下注释所示），可以将awk脚本修改为指定FIELDWIDTHS。 需要检查这些值，因为尚不清楚确切的宽度。

awk -v 'FIELDWIDTHS=4 8 6 4 1 6 9 9 9 6 5 12' '
$1  == "ATOM" && $3 == "CA" { $11 = 1.0 }
{ print }
'

Answer 2

sed -E '/ CA /s/[^ ]+/1.000/11' file

（GNU sed，假设使用空格而不使用制表符）

替换后使用11替换第11个字。 替换仅发生在匹配/ CA /

-E是使+正常工作所必需的。

您可能需要根据您的确切要求定制空格或替换字符串。 因为它只影响第11列，所以您可以做任何您想做的事情。

Answer 3

以下sed命令将起作用：

sed '/ CA /s/\([^ ]\+ \+[^ ]\+ \+[^ ]\+ \+[^ ]\+ \+[^ ]\+ \+[^ ]\+ \+[^ ]\+ \+[^ ]\+ \+[^ ]\+ \+[^ ]\+ \+\)....../\11.0000/'

要么：

sed -E '/ CA /s/([^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +[^ ]+ +)....../\11.0000/'

或（使用bash）：

X="[^ ]+ +"; sed -E "/ CA /s/($X$X$X$X$X$X$X$X$X$X)....../\11.0000/"

要么：

X="[^ ]\+ \+"; sed "/ CA /s/\($X$X$X$X$X$X$X$X$X$X\)....../\11.0000/"

给予：

ATOM      1  P     A 2   1     224.160 179.728 151.662  1.00 40.00           P  
ATOM      2  OP1   A 2   1     225.507 179.132 151.738  1.00 40.00           O  
ATOM      3  CA    A 2   1     223.640 180.497 152.816  1.00 1.0000          O  
ATOM      4  O5'   A 2   1     224.374 180.738 150.465  1.00 40.00           O

说明：

• / CA /如果一行包含令牌“ CA”，则
• s/($X$X$X$X$X$X$X$X$X$X)....../替换为前十列和第11列的前六个字符
• \\11.0000/十列中已经存在的内容，第11列中为“ 1.0000”。

细化：

• 假设“ CA”不在第一列的开头； 可以使用/\\<CA\\>/ 。
• 如果有选项卡，请用[[:space]]替换上面的[[:space]] 。
• 如果现有的第11列包含六个以上的非空白字符，则以上操作将失败。 如果你事先知道它说的最多八个字符，添加两个额外的点来......在“1.0000”后两个空格。

• 否则，您可以首先通过运行以下命令将第11列减少为单个非空白字符：

   X="[^ ]\\+ \\+"; sed "/ CA /{:a;s/\\($X$X$X$X$X$X$X$X$X$X\\)\\([^ ]\\+\\)[^ ] /\\1\\2 /;ta}" 

Answer 4

如果您知道第11列始终为16个字符宽，请使用以下sed命令：

sed '/ CA /s/[^ ]\+ \+/1.0000          /11'

会给：

ATOM      1  P     A 2   1     224.160 179.728 151.662  1.00 40.00           P  
ATOM      2  OP1   A 2   1     225.507 179.132 151.738  1.00 40.00           O  
ATOM      3  CA    A 2   1     223.640 180.497 152.816  1.00 1.0000          O  
ATOM      4  O5'   A 2   1     224.374 180.738 150.465  1.00 40.00           O

说明：在带有令牌CA行上，这将第11列替换为1.0000后跟10个空格。

对于某些版本的sed ，您可能需要将\\+替换为\\{1,\\} ，如下所示：

sed '/ CA /s/[^ ]\{1,\} \{1,\}/1.0000          /11'

---

另外，如果您知道第11列始终从第62个字符开始并且为16个字符宽，则以下内容也将起作用：

sed -i '/ CA /s/\(.\{61\}\).\{16\}/\11.0000          /' filename

说明：

• 在标记为“ CA”的行中， / CA /
• 使用\\(.\\{61\\}\\)捕获前61个字符，并将其保留为\\1
• 并将后16个字符.\\{16\\}替换为1.0000后跟10个空格。
• -i开关在适当位置修改文件。