[英]DNA sequence Dotplots
我目前正在编写一个脚本来在给定两个序列时创建一个点图。 到目前为止,我可以得到一个可爱的小点图。
The X axis is: >HeaderOfSeq1
X = ATCGTAGCTACGTACGT
The Y axis is: >HeaderOfSeq2
Y = ATGCGATCGTGCTAC
ATGCGATCGTGCTAC
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\ \ \ |A
\ \ \ \ |T
\ \ \ \|C
\ \ \ \ |G
\ \ \ \ |T
\ \ \ |A
\ \ \ \ |G
\ \ \ \|C
\ \ \ \ |T
\ \ \ |A
\ \ \ \|C
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\ \ \ |A
\ \ \ \|C
\ \ \ \ |G
\ \ \ \ |T
这是一个 --ascii 过滤器(没有那个过滤器, / 是匹配的字母),它也是脚本的一部分。 没有我想要和需要做的就是把它变成一个 matplotlib 图。
我在这一点上有点卡住了,我已经从 np 获得了两个具有所有可能组合的数组,我希望重叠并返回一个等高线图会相当简单,也许它基本上显示了上面的点图,但更漂亮. 顺便说一句,Matplot 是一个要求,标准化等等。 由于它们的字符串格式,我无法对网格网格(无论如何我都知道)做任何事情,所以我被卡住了。
任何帮助将不胜感激!! 如果需要,我也会发布一些实际代码。
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