R Markdown HTML 输出与 R Studio 输出不匹配

Question

如果这个问题听起来很愚蠢，我事先很抱歉：我对 R 很满意，但对 Markdown 来说相对较新。 我意识到 Markdown .Rmd 脚本是可重现的，所以 Markdown 脚本中的任何内容都必须来自它，而不是全局环境或其他脚本。 我已经完成了将我很长的初始 .R 脚本复制到 .Rmd 的繁琐工作，并附有解释，就像报告一样。 我的问题如下：在 .Rmd 脚本中运行代码后，我得到每个块下面的输出。 然后我编织它，HTML文档中的输出不一样。 基本要素相同，但模型摘要不同。 我简直无法理解为什么。 我当然尝试过重新启动 R Studio，清理全局环境并从空白脚本重新开始。 磨牙的问题是，我的脚本很长，有些块很重（比如使用 MICE 对缺失数据进行插补）。 所以每次我遇到问题，我必须重新计算一切，这是一个很长的咖啡休息时间。

虽然由于这个原因我不能包含代码，但我仍然非常希望有人以前遇到过这个问题并且可以分享他们的经验。 我特别想知道如果你留下一些块 {r eval=FALSE} 并且只在第一次手动运行它们会发生什么。 这可能是问题的根源吗？ 如果是这样，你们如何编织长计算量的脚本？

首先十分感谢。

PS 把这个瓶子扔进海里后，我会试着把我的脚本分成几个脚本来查明问题（并能够包括导致问题的部分）。

Answer 1

所以，显然上面的错误有以下解释：

• R.Studio(.Rmd) 中块代码下方显示的输出基于全局环境中保存的数据。
• 相反，针织 HTML 是通过从 .Rmd 运行脚本来呈现的。

通常它应该不会造成问题。 但是，如果某些代码块使用 eval=FALSE 来跳过重复的冗长执行（在我的情况下，使用 MICE 进行数据插补），那么全局环境中的插补数据和非插补数据正在编织。 因此，针织 HTML 中的模型在不完整的数据集上运行并且全部关闭。

在收到 cache=TRUE 的建议之前，我找到了另一种解决方法，即执行所有必需的转换和插补一次，然后使用新的代码块保存数据，然后为该块和上面不再有的块设置 EVAL=FALSE运行（即使其中一些仍然必须显示）。 然后，我将处理过的数据导入隐藏块（eval=TRUE，include=FALSE）并运行其余的训练等。虽然从技术上讲，它在可重复性方面不是最好的，但它节省了我的脖子和计算时间。