R 中带有 betar 系列的 gam() 的随机效应

Question

我在使用betar系列进行gam()分析时遇到了麻烦，奇怪的是它以前运行得很好。 我重新启动 R 后，出现了各种错误和警告消息。

我正在分析一个比例对另一个比例 (0,1) 的影响和一个随机效应（因子）与 betaregression 系列。 数据如下所示。

> str(data_original)
'data.frame':   35 obs. of  17 variables:
 $ ProportionBirdsScavenging: num  0.6619 0.4062 0.6943 0.0143 0.0143 ...
 $ pointWeight              : int  3 233 10 89 4 22 44 99 89 17 ...
 $ Area                     : Factor w/ 6 levels "Hamert","KempenBroek",..: 3 1 1 1 1 1 1 1 1 2 ...
 $ OverheadCover            : num  0.7 0.671 0.679 0.79 0.62 ...

这是我的电话

mygam <- gam(ProportionBirdsScavenging ~ OverheadCover + s(Area, bs="re"), family=betar(link="logit"), data = data_original, weights = pointWeight)

当我运行它时，它向我显示Error in is.factor(...) : unused argument (bs = "re") 。 我已阅读有关?gam::s 、 ?is.factor 、 ?mgcv::gam ，并在互联网上搜索，但找不到任何对我?mgcv::gam内容。 我尝试过更改Area的结构，尝试不同的参数，更新所有包，从在线工作脚本中复制准确的代码并填充我的变量。 最后一种方法告诉我它可能与我的数据有关，而不是我的电话。 据我了解，数据结构应该适合这样的分析。 此外，它与之前完全相同的数据（和脚本）完美配合。

如果我在没有随机因素的情况下尝试通话

mygam <- gam(ProportionBirdsScavenging ~ OverheadCover, family = betar(link="logit"), data = data_original, weights = pointWeight)

它向我显示了Warning message: In model.matrix.default(mt, mf, contrasts) : non-list contrasts argument ignored ，但工作正常。 经过一些在线研究，我发现这可能与更新有关（什么可以解释为什么在我重新启动 R 后它的工作方式有所不同）。 显然，这条消息曾经是沉默的，但现在没有新的更新了。 任何人都可以证实这一点吗？ 我应该担心这个警告吗？

此外，如果我执行gam.check它会给我Error in xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log) : 'x' and 'y' lengths differ ，这很奇怪，因为长度相等（均为 35 ）。

但是，没有+ s(Area, bs="re")的gam至少不会产生错误（只是警告），但是当我尝试时会出现错误

coeftest(mygam, vcov = sandwich)

它告诉我Error in bread. %*% meat. : non-conformable arguments Error in bread. %*% meat. : non-conformable arguments Error in bread. %*% meat. : non-conformable arguments 。 没有sandwich的coeftest工作正常，所以它与vcov = sandwich 。 互联网搜索并没有给出太多答案，不幸的是也没有得到答案。

有谁知道这里发生了什么？ 我很想听听想法和想法。 最后，我尝试使用Area作为随机效果运行gam ，但我认为其他警告和错误消息可能会导致我们出现问题。

Answer 1

弄清楚了。 显然， gam()的函数gam包和mgcv包工作方式不同。 我应该使用mgcv:gam 。 然后它与随机效果完美配合。