spark-submit 错误：无效的最大堆大小：-Xmx4g --jars，但系统内存不足

Question

我正在运行一个火花作业：

spark-submit --master spark://ai-grisnodedev1:7077 --verbose --conf spark.driver.port=40065 --driver-memory 4g
--jars /opt/seqr/.conda/envs/py37/lib/python3.7/site-packages/hail/hail-all-spark.jar 
--conf spark.driver.extraClassPath=/opt/seqr/.conda/envs/py37/lib/python3.7/site-packages/hail/hail-all-spark.jar 
--conf spark.executor.extraClassPath=./hail-all-spark.jar ./hail_scripts/v02/convert_vcf_to_hail.py ./hgmd_pro_2019.4_hg38.vcf -ht 
--genome-version 38 --output ./hgmd_pro_2019.4_hg38.ht

该命令给出了一个错误：

无效的最大堆大小：-Xmx4g --jars 错误：无法创建 Java 虚拟机。 错误：发生了致命异常。 程序将会退出。

我检查了内存：

所以，好像没问题。 我检查了java ：

(py37) -bash-4.2$ java -version
openjdk version "1.8.0_232"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.8.0_232-b09)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 25.232-b09, mixed mode)

然后我在Chrome检查了spark是否在ai-grisnodedev1:7077运行，并且它与一名工人一起运行。 如果我使用ipython我可以在https://hail.is/docs/0.2/getting_started.html运行简单的install示例：

import hail as hl
mt = hl.balding_nichols_model(n_populations=3, n_samples=50, n_variants=100)
mt.count()

因此，依赖Spark Hail也能正常工作。 也许我的命令格式不正确或某些文件已损坏？s 但是该错误非常具有误导性。 我能做些什么来尝试调试这个问题？

Answer 1

刚刚发布了问题并立即修复了它，尽管非常绝望。 问题是我在几个编辑器中复制粘贴命令并返回，并且在--driver-memory 4g之后可能存在一些错误的字符。 我刚刚删除了空格（可能不是空格）并重新插入它们，然后它开始工作了。 很难说为什么，也许tab或newline以某种方式搞砸了。 我正在使用Microsoft One Note - 也许它正在对空格进行一些修改...

Answer 2

我也有这个问题。 无论如何，我使用的是pySpark 。 对我来说，这个问题是spark.executor.memory接受如16gb ，而spark.driver.memory只接受16g - >以g B中的b导致错误（有点不直观，说实话）。