如何在 Graph Networkx 中找到具有公共节点的边？

Question

我有这个图：

G = nx.MultiGraph()

source_nodes = ['A', 'A', 'B', 'D']
target_nodes = ['B', 'C', 'D', 'E']

for u,v in zip(source_nodes, target_nodes):
    G.add_edge(u, v)

我得到的边缘是：

(A, B)
(A, C)
(B, D)
(D, E)

如果一条边的目标节点是另一条边的源节点，我想在它们之间创建一条边。 例如，对于上面的示例，新边将是：

(A, D)和(A, E) 。

我是 Networkx 的新手，我不知道该怎么做...

Answer 1

1. 首先，您使用MultiGraph 。 它不是定向的，也不存储有关源和目标的信息（它们成为相等的连接节点）。 您应该使用DiGraphs或MultiDiGraphs在有向图中存储信息。

2. NetworkX DiGraphs 和 MultiDiGraphs 具有predecessors和successors 功能，可以应用于特定节点。 您可以使用它们来检查从前任到后继的边是否存在，如果不存在，则创建它。

import networkx as nx

G = nx.DiGraph()  # Not a MultiGraph! (can be MultiDiGraph)

source_nodes = ['A', 'A', 'B', 'D']
target_nodes = ['B', 'C', 'D', 'E']

for u,v in zip(source_nodes, target_nodes):
    G.add_edge(u, v)

# For each node
for n in G.nodes:
    # We check all predecessors and successors
    for p in G.predecessors(n):
        for s in G.successors(n):
            # If graph has no edge from predecessor to successor
            if (p, s) not in G.edges:
                print(p, s)  # Print, can be removed
                # We add this node
                G.add_edge(p, s)

如果您不想为所有节点创建边，而是为一组节点创建边，则可以将G.nodes:在G.nodes:行for n in G.nodes:为给定的一组节点，例如：

for n in [1, 2, 3]:

如果只想为一个节点创建边，则不需要主循环：

NODE_ID = 2

# We check all predecessors and successors of a node
for p in G.predecessors(NODE_ID):
    for s in G.successors(NODE_ID):
        # If graph has no edge from predecessor to successor
        if (p, s) not in G.edges:
            print(p, s)  # Print, can be removed
            # We add this node
            G.add_edge(p, s)