删除特定字符后的行 | awk

Question

我正在编写一个 Bash 脚本，我需要删除 TER 之间的所有行，包括 'TER's

输入文件 ：

ATOM    186  O3'   U     6       7.297   6.145  -5.250  1.00  0.00           O  
ATOM    187 HO3'   U     6       7.342   5.410  -5.865  1.00  0.00           H  
TER
ATOM      1 HO5'   A     1       3.429  -7.861   3.641  1.00  0.00           H  
ATOM      2  O5'   A     1       4.232  -7.360   3.480  1.00  0.00           O  
ATOM      3  C5'   A     1       5.480  -8.064   3.350  1.00  0.00           C  
ATOM      4  H5'   A     1       5.429  -8.766   2.518  1.00  0.00           H  
TER

预期输出：

ATOM    186  O3'   U     6       7.297   6.145  -5.250  1.00  0.00           O  
ATOM    187 HO3'   U     6       7.342   5.410  -5.865  1.00  0.00           H  

我发现

sed '/TER/,$d' ${myArray[j]}.txt >> ${MyArray[j]}.txt  ### ${MyArray[j]} file name through an array 

但这不起作用，我认为 awk 可以与 Bash Script 一起使用。 帮助 谢谢

Answer 1

您可以像这样使用sed ：

sed -i.bak '/^TER/,/^TER/d' "${myArray[j]}.txt"
cat "${myArray[j]}.txt"

ATOM    186  O3'   U     6       7.297   6.145  -5.250  1.00  0.00           O
ATOM    187 HO3'   U     6       7.342   5.410  -5.865  1.00  0.00           H

Answer 2

可以这样做

sed '/TER/,$d' ${myArray[j]}.txt > tmp.txt #note only one " > "
mv tmp.txt ${myArray[j]}.txt

Answer 3

sed '/TER/,/TER/d' 

   echo 
   "ATOM    186  O3'   U     6       7.297   6.145  -5.250  1.00  0.00           O  
    ATOM    187 HO3'   U     6       7.342   5.410  -5.865  1.00  0.00           H  
    TER
    ATOM      1 HO5'   A     1       3.429  -7.861   3.641  1.00  0.00           H  
    ATOM      2  O5'   A     1       4.232  -7.360   3.480  1.00  0.00           O  
    ATOM      3  C5'   A     1       5.480  -8.064   3.350  1.00  0.00           C  
    ATOM      4  H5'   A     1       5.429  -8.766   2.518  1.00  0.00           H  
    TER"  |sed '/TER/,/TER/d' 


######################################################################################

ATOM    186  O3'   U     6       7.297   6.145  -5.250  1.00  0.00           O  
ATOM    187 HO3'   U     6       7.342   5.410  -5.865  1.00  0.00           H 

sed '/Start Pattern/,/End Pattern/d'

Answer 4

awk还提供了一个使用标志来控制打印的简单解决方案。 下面的skip变量用作标志。 如果1行被跳过，在从1到0的转换中，脚本退出。

awk -v skip=0 '$1=="TER"{skip=skip?1:0; if (!skip)exit}1' file

以上$1=="TER"用于匹配第一个字段为TER行（记录）（这可以消除"TER"和"TERMINAL"等之间的歧义...）在规则中，三元skip=skip?1:0在第一次遇到"TER"时设置skip=1 ，在下一次设置为0 。 如果skip==0脚本退出。 最后的1只是print简写。

示例使用/输出

使用file的数据，您将获得：

$ awk -v skip=0 '$1=="TER"{skip=skip?1:0; if (!skip)exit}1' file
ATOM    186  O3'   U     6       7.297   6.145  -5.250  1.00  0.00           O
ATOM    187 HO3'   U     6       7.342   5.410  -5.865  1.00  0.00           H