显示字母以在 ggplot 条形图上显示统计显着性

Question

我有一个数据框，头部看起来像下面，还有更多不同名称和读数的行：

df <- data.frame ("name" = c("A", "A", "A", "B", "B", "B", "C", "C", "C"),
                  "reading" = c(3.6, 1.2, 3.1, 5.5, 6.1, 6.3, 9.3, 9.1, 8.9))

我使用以下代码生成条形图：

ggplot(aes(x=name, y=reading))+geom_col()+stat_summary(fun.data = mean_se, geom = "errorbar", color="red")+stat_summary(fun.y=mean, geom="point", color="red")

然后我分别执行了方差分析/TukeyHSD，但我无法将字母添加到图表中，以显示每两个名称对是否在统计上不同。 请问这是否可以通过 ggplot 查询实现而不执行单独的 ANOVA/Tukey 测试？

非常感谢！

Answer 1

试试这个：

library(tidyverse)
stat_pvalue <- df %>% 
  rstatix::tukey_hsd(reading~name) %>% 
  rstatix::add_y_position(fun = "max")

ggplot(df, aes(x=name, y=reading))+
  stat_summary(fun=mean, geom="bar") + 
  stat_summary(fun.data = mean_se, geom = "errorbar", color="red")+
  ggpubr::stat_pvalue_manual(stat_pvalue,  label = "p.adj.signif") +
  ggpubr::stat_compare_means(method = "anova")