调用 Rcpp c++ function 从 R 代码在同一个 ZEFE90A8E604A7C840E88D03D6

Question

我想用 C++ 和 R 代码构建一个 Rcpp package 代码。 仅使用 C++ 代码（已删除 R 代码），一切都可以编译并运行良好，并且在构建和加载导出的函数后可以按预期调用

<packageName>::<functionName>()

但是，当包含 R 代码和对 C++ 代码的调用时，我得到一个 object 在构建 ZEFE8407A8DZ03ADD76A7 时未找到错误

R CMD build <packageName>
[...]
** R
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error in <functionName>() :
  object '_<packageName>_<functionName>' not found
Error: unable to load R code in package '<packageName>'

该错误发生在 C++ 代码编译成功后。

<functionName>()

映射到

_<packageName>_<functionName>

像往常一样在R/RcppExports.R中，但它似乎不能在构建时由 R 代码加载。

package的结构和往常一样：

<packageName>
├── DESCRIPTION
├── man
│   ├── <functionName>.rd
│   └── <packageName>-package.rd
├── NAMESPACE
├── R
│   ├── <RCodeFileName>.R
│   └── RcppExports.R   
├── README.md
└── src
    ├── <C++CodeFileName>.cpp
    ├── <C++CodeFileName>.o
    ├── <packageName>.so
    ├── RCppExports.cpp
    ├── RCppExports.o
    └── symbols.rds

编译 package 时会生成.o和.so文件。

R 文件直接从 C++ 文件中调用 function：

[other stuff]
[...]
<functionName>()

NAMESPACE文件也照常：

useDynLib(<packageName>, .registration=TRUE)
importFrom(Rcpp, evalCpp)
exportPattern("^[[:alpha:]]+")

这似乎是一个非常简单直接的问题（从 Rcpp 包中的 R 代码调用 C++ 代码）。 尽管如此，我似乎无法找到任何关于如何做到这一点的迹象。

编辑（2020 年 4 月 8 日）： build与INSTALL

在每种情况下都会出现问题

R CMD INSTALL <packageName>_<version>.tar.gz

如果包含的帮助文件

man/<packageName>-package.Rd

构建它以强制installing the package to process help pages ，该错误已经发生在

R CMD build <packageName>

如上所述。

编辑（2020 年 4 月 8 日）：使用Rcpp.package.skeleton()重现的步骤（无论如何在类 Unix 系统上）

Rscript -e 'Rcpp::Rcpp.package.skeleton("demo20200408")'
echo 'rcpp_hello_world()' > errorDemo/R/example.R
R CMD INSTALL errorDemo

Answer 1

你可能想放慢速度。 The Rcpp package itself comes with a demo package generator via the Rcpp.package.skeleton() function. 运行！

逐个比较你所拥有的。

第二个生成器是例如内置在 RStudio 中，可在文件 -> 新项目 -> 新目录 -> Package 下使用 Rcpp 菜单选项。

否则，很难说。 你对你 function 的名字做了什么时髦的事吗？ 因为这些映射到 R和C++ ，所以您对两者都有限制。 即你不能使用点（因为那将是 C++ 中的 class 方法符号）。

最后，即使未导出C++ function 也应该可以通过三个冒号从已安装和加载的 package 获得，即mypkg:::myFun()

最后，快速演示：

创造它

edd@rob:/tmp$ Rscript -e 'Rcpp::Rcpp.package.skeleton("demo20200408")' Creating directories... Creating DESCRIPTION... Creating NAMESPACE... Creating Read-and-delete-me... Saving functions and data... Making help files... Done. Further steps are described in './demo20200408/Read-and-delete-me'. Adding Rcpp settings >> added Imports: Rcpp >> added LinkingTo: Rcpp >> added useDynLib directive to NAMESPACE >> added importFrom(Rcpp, evalCpp) directive to NAMESPACE >> added example src file using Rcpp attributes >> added Rd file for rcpp_hello_world >> compiled Rcpp attributes edd@rob:/tmp$

安装它

edd@rob:/tmp$ Rscript -e 'library(demo20200408); rcpp_hello_world()'
[[1]]
[1] "foo" "bar"

[[2]]
[1] 0 1

edd@rob:/tmp$ 

运行

edd@rob:/tmp$ Rscript -e 'library(demo20200408); rcpp_hello_world()' [[1]] [1] "foo" "bar" [[2]] [1] 0 1 edd@rob:/tmp$

并添加一个 R function 并调用它

edd@rob:/tmp$ echo 'r_hello_world <- function() cat("hi there\n")' > demo20200408/R/foo.R edd@rob:/tmp$ R CMD INSTALL demo20200408 * installing to library '/usr/local/lib/R/site-library' * installing *source* package 'demo20200408'... ** using staged installation ** libs make: Nothing to be done for 'all'. installing to /usr/local/lib/R/site-library/00LOCK-demo20200408/00new/demo20200408/libs ** R ** byte-compile and prepare package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ** testing if installed package can be loaded from temporary location ** checking absolute paths in shared objects and dynamic libraries ** testing if installed package can be loaded from final location ** testing if installed package keeps a record of temporary installation path * DONE (demo20200408) edd@rob:/tmp$ Rscript -e 'library(demo20200408); r_hello_world()' hi there edd@rob:/tmp$

尽管 OP 声称仍然没有问题

在下面的最新评论中，声称生成的 function 无法调用。 那是错误的。

 edd@rob:/tmp$ editor demo20200408/R/foo.R # subst. fave editor here edd@rob:/tmp$ cat demo20200408/R/foo.R r_hello_world <- function() { cat("hi there\n") ignored <- rcpp_hello_world() NULL } edd@rob:/tmp$ R CMD INSTALL demo20200408 * installing to library '/usr/local/lib/R/site-library' * installing *source* package 'demo20200408'... ** using staged installation ** libs make: Nothing to be done for 'all'. installing to /usr/local/lib/R/site-library/00LOCK-demo20200408/00new/demo20200408/libs ** R ** byte-compile and prepare package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ** testing if installed package can be loaded from temporary location ** checking absolute paths in shared objects and dynamic libraries ** testing if installed package can be loaded from final location ** testing if installed package keeps a record of temporary installation path * DONE (demo20200408) edd@rob:/tmp$ Rscript -e 'library(demo20200408); r_hello_world()' hi there NULL edd@rob:/tmp$