Python 找到最长的 ORF

Question

有人可以告诉我一个简单的解决方案，用于计算 DNA 序列中最长的开放阅读框 (ORF) > 30bp 的长度吗？ ATG 是起始密码子（即 ORF 的开头），TAG、TGA 和 TAA 是终止密码子（即 ORF 的结尾）。 不使用 BioPython。

Answer 1

这个正则表达式可能能够完成这项工作：

ATG(...){30,}(TAG|TGA|TAA)

(...)是一个三字母密码子，与 {30,} 匹配 30 次或更多次，并在找到(TAG|TGA|TAA)之一时停止。

这个正则表达式可以帮助你找到所有的 ORF，现在你只需要找到最长的那个应该是微不足道的。