如何修改 ggplot2 stat_density_2d 轮廓 plot 密度缩放？

Question

我正在使用一个两列表，我试图从中制作密度轮廓 plot 。 “HiChIP_VillusvsCrypt”是 x 轴，“RNAseq_VillusvsCrypt”是 y 轴。 如果您在此附加图像中看到，则有一个密度从 0 缩放到 0.2 的图例。 如果可能的话，我希望能够使用这种缩放（即设置范围在 0 和 0.1 之间）。 我很感激任何建议！

library(ggplot2)
df1 <- data.frame(HNF4_Looping_HiChIPvsRNASeq_VillusvsCrypt$HiChIP_log2FC_VillusvsCrypt, HNF4_Looping_HiChIPvsRNASeq_VillusvsCrypt$RNAseq_log2FC_VillusvsCrypt)
ggplot(df1, aes(df$HNF4_Looping_HiChIPvsRNASeq_VillusvsCrypt.HiChIP_log2FC_VillusvsCrypt, df$HNF4_Looping_HiChIPvsRNASeq_VillusvsCrypt.RNAseq_log2FC_VillusvsCrypt))+                       
  stat_density_2d(aes(fill = ..level.. ), geom = "polygon")+scale_x_continuous(name="HiChIP_VillusvsCrypt", limits=c(-4,4))+scale_y_continuous(name="RNASeq_VillusvsCrypt", limits=c(-4,4))

Answer 1

我无法重现您的示例代码，因此我将替换为标准数据集来说明我的观点。

使用边界只需设置颜色/填充的限制并确保oob参数是合适的。

假设我们有以下 plot。

library(ggplot2)

myplot <- ggplot(faithful, aes(eruptions, waiting)) +
  stat_density_2d(aes(fill = after_stat(level)),
                  geom = "polygon") +
  xlim(1, 6) +
  ylim(35, 100)
myplot

我们可以玩弄如下限制：

myplot + scale_fill_continuous(limits = c(0, 0.01), 
                               oob = scales::squish)

^{由reprex package (v0.3.0) 于 2020 年 4 月 15 日创建}

如果要在基础值上设置乘数，可以使用aes() function，如下所示：

aes(fill = after_stat(level * 10))

注意after_stat() function 需要 ggplot2 v3.3.0。 早期版本使用stat()甚至更旧的语法是使用..myvariable.. 。