[英]Error trying to add colours to R ggplot (volcano plot)
想要制作一个根据显着性和差异表达着色的火山 plot。 使用来自 Limma object 的 R 中的 toptable 制作了 dataframe。 根据调整后的 p 值和 logfc 将颜色列添加到数据框中。 所以每个基因也有一个颜色分配(“填充),然后用这些颜色来制作ggplot:
geom_point(mapping = aes(x= logFC, y= log10adj, colour = fill))+
geom_hline(yintercept=1.3, linetype="dashed", color = "red")+
geom_vline(xintercept=-1, linetype="dashed", colour= "blue")+
geom_vline(xintercept=1, linetype="dashed", colour= "blue")+
xlab("Log2 Fold Change")+
ylab("-Log10 Adjusted P-value")+
xlim(-3,3)+
theme_grey()
但是 ggplot 没有正确着色:
如果我将形状添加到美学中,则会出现错误:
ggplot(voom_topt)+
geom_point(mapping = aes(x= logFC, y= log10adj, colour = fill, shape = 23))+
geom_hline(yintercept=1.3, linetype="dashed", color = "red")+
geom_vline(xintercept=-1, linetype="dashed", colour= "blue")+
geom_vline(xintercept=1, linetype="dashed", colour= "blue")+
xlab("Log2 Fold Change")+
ylab("-Log10 Adjusted P-value")+
xlim(-3,3)+
theme_grey()
错误:无法将连续变量映射到形状运行
rlang::last_error()
以查看错误发生的位置。
有谁知道如何解决这个问题? 我不知道为什么会出错(Ps 我对 R 很陌生)
谢谢你的帮助!!
您需要这样使用scale_color_manual
ggplot(mtcars) +
geom_point(mapping = aes(
x = mpg, y = wt, color = factor(cyl))) +
scale_color_manual(values = c("red", "black", "green"))
从我在您的代码中可以看到,您将设置color = factor(fill)
然后将您的四个 colors 传递给scale_color_manual
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