glmmTMB 截断负二项式家族是否仍在开发中？

Question

我一直在 R package glmmTMB 中实现一些负二项式障碍模型，并且遇到了一些关于截断负二项式系列的困惑。

在检查该家庭论点的来源时，我发现：

truncated_nbinom2 <- function(link="log") {
    r <- list(family="truncated_nbinom2",
           variance=function(mu,theta) {
               stop("variance for truncated nbinom2 family not yet implemented")
         })
    return(make_family(r,link))
}

我想知道这个系列是否仍在开发中（如变体中的stop命令所示）？

它被记录为在小插图中工作，并且我从我使用该系列拟合的模型中得到了合理的估计（例如，来自 model 的模拟数据似乎是明智的）。 我知道 package 的许多作者都在这个论坛上，所以我希望有人能够澄清。

Answer 1

truncated_nbinom2系列在大多数情况下都可以正常工作。 查看 glmmTMB 源代码（ grep "\$variance" R/*.R ）仅使用 object family的$variance组件：

• 计算皮尔逊残差
• 在创建effects package 使用的对象时

如果您正在使用需要使用 object 的预期方差来计算某些东西的下游包，您可能会在管道的其他地方遇到麻烦。 但其他一切都应该没问题。

PS我找到了这个差异的表达式并创建了一个问题来提醒我们实现它： https://github.com/glmmTMB/glmmTMB/issues/606

PPS 这是现在的开发版本（不幸的是，我很确定我发现的论文只涵盖了截断的 NB2，所以截断的 NB1 可能需要等待一段时间。但是，答案仍然适用 - 没有差异 function 只会在少数情况下造成麻烦，绝不应该造成微妙的麻烦......）