尝试在 Rstudio 中安装 vcfR 时出错

Question

我在 R 工作室中安装 vcfR package 时遇到问题。 我在 Ubuntu 18.04.4 LTS 在 Rstudio 和我的 R 版本 3.6.3 当我尝试安装时：

install.packages('vcfR')

我得到一个非零退出状态

Installing package into ‘/home/username/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.r-project.org/src/contrib/vcfR_1.11.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1453180 bytes (1.4 MB)
==================================================
downloaded 1.4 MB

* installing *source* package ‘vcfR’ ...
** package ‘vcfR’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
./configure: 4: ./configure: checkbashisms: not found
Warning in system(cmd) : error in running command
ERROR: configuration failed for package ‘vcfR’
* removing ‘/home/username/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/vcfR’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘vcfR’ had non-zero exit status

我不确定从这里到 go 的位置或尝试修复它的方法。

Answer 1

这似乎是由于 package vcfR中的一个简单错误造成的。 在最新版本中，其configure脚本包括

#!/bin/sh

#
checkbashisms --force

# EOF.

这几乎没有意义。 CRAN 从未注意到，因为他们现在安装了脚本checkbashishm （来自 Debian 的devscript包）。 有人应该告诉vcfR的维护者来纠正这个问题。 我会给他发邮件。 至少它应该更改为

if [ -f /usr/bin/checkbashisms ]; then
    checkbashisms --force
fi

Answer 2

我在 github 上发现了这个，所以显然这是一个普遍问题：

https://github.com/r-hub/rhub-linux-builders/issues/46

我也在运行 Ubuntu 18.04.04，并收到与您相同的错误消息。 我使用以下代码通过终端安装了devscripts package：

sudo apt update
sudo apt install devscripts

然后我能够在 RStudio 中成功安装 vcfR。