尝试运行 PGDSpider 时出现 java.lang.NoClassDefFoundError

Question

我正在尝试运行生物信息学软件PGDSpider 。 安装说明非常简单：

1. 安装 Java7 RE。
2. 下载 PGDSpider 应用程序。
3. 执行命令bash./PGDSpider2.sh 。

但是，当我尝试执行程序时，出现与 Java 相关的错误，我不太明白：

luis@luis-Inspiron-5570:PGDSpider_2.1.1.5$ bash PGDSpider2.sh
java.lang.NoClassDefFoundError: org/w3c/dom/ls/DocumentLS
    at java.base/java.lang.ClassLoader.defineClass1(Native Method)
    at java.base/java.lang.ClassLoader.defineClass(ClassLoader.java:1017)
    at java.base/java.security.SecureClassLoader.defineClass(SecureClassLoader.java:151)
    at java.base/jdk.internal.loader.BuiltinClassLoader.defineClass(BuiltinClassLoader.java:821)
    at java.base/jdk.internal.loader.BuiltinClassLoader.findClassOnClassPathOrNull(BuiltinClassLoader.java:719)
    at java.base/jdk.internal.loader.BuiltinClassLoader.loadClassOrNull(BuiltinClassLoader.java:642)
    at java.base/jdk.internal.loader.BuiltinClassLoader.loadClass(BuiltinClassLoader.java:600)
    at java.base/jdk.internal.loader.ClassLoaders$AppClassLoader.loadClass(ClassLoaders.java:178)
    at java.base/java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:522)
    at org.apache.xerces.jaxp.DocumentBuilderImpl.<init>(Unknown Source)
    at org.apache.xerces.jaxp.DocumentBuilderFactoryImpl.newDocumentBuilder(Unknown Source)
    at org.apache.log4j.xml.DOMConfigurator.doConfigure(DOMConfigurator.java:861)
    at org.apache.log4j.xml.DOMConfigurator.doConfigure(DOMConfigurator.java:773)
    at org.apache.log4j.xml.DOMConfigurator.configure(DOMConfigurator.java:901)
    at ch.unibe.iee.cmpg.pgdspider.PGDSpider.main(PGDSpider.java:17)
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: org.w3c.dom.ls.DocumentLS
    at java.base/jdk.internal.loader.BuiltinClassLoader.loadClass(BuiltinClassLoader.java:602)
    at java.base/jdk.internal.loader.ClassLoaders$AppClassLoader.loadClass(ClassLoaders.java:178)
    at java.base/java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:522)
    ... 15 more

我正在研究 Ubuntu 20.04 并拥有以下版本的 Java：

(bioinfo) luis@luis-Inspiron-5570:PGDSpider_2.1.1.5$ java -version
openjdk version "14.0.1" 2020-04-14
OpenJDK Runtime Environment (build 14.0.1+7-Ubuntu-1ubuntu1)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 14.0.1+7-Ubuntu-1ubuntu1, mixed mode, sharing)

任何帮助将不胜感激。

Answer 1

我对 PGDSpider 不熟悉，因此您将不得不在PGDSpider2.sh脚本中进行一些摆弄，但您应该会看到类似于以下内容的行：

java PGDSpider2.jar

该行应更改为以下内容：

java --add-modules java.se.ee -jar PGDSpider2.jar

同样，我的修复可能并不完美，因此请随意添加可能提供更多见解的评论（例如PGDSpider2.sh的确切文本）。 默认情况下，最新版本的 Java SDK 不再包含某些 Java EE 模块，看起来您的工具是在包含这些模块时构建的。 这里的策略只是让它们再次可用。

Answer 2

通过以下步骤解决了错误：

1. 将 Java 降级为 Java 8：

sudo apt-get install openjdk-8-jre

2. 手动切换到这个旧版本的 java：

(bioinfo) luis@luis-Inspiron-5570:PGDSpider_2.1.1.5$ sudo update-alternatives --config java
There are 3 choices for the alternative java (providing /usr/bin/java).

  Selection    Path                                            Priority   Status
------------------------------------------------------------
* 0            /usr/lib/jvm/java-14-openjdk-amd64/bin/java      1411      auto mode
  1            /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/java      1111      manual mode
  2            /usr/lib/jvm/java-14-openjdk-amd64/bin/java      1411      manual mode
  3            /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/bin/java   1081      manual mode

Press <enter> to keep the current choice[*], or type selection number: 3

3. 执行 PGDSpider2 脚本

bash PGDSpider2.sh