R package 'Seurat' 因 openMP 错误而崩溃

Question

我已经被这个问题困住了一段时间。 我在我的 Mac (Catelina) 上安装了 package Seurat，但是在调用这个库时，R 将崩溃并显示以下消息：

OMP：错误 #15：正在初始化 libomp.dylib，但发现 libomp.dylib 已经初始化。 OMP：提示 这意味着 OpenMP 运行时的多个副本已链接到程序中。 这是危险的，因为它会降低性能或导致不正确的结果。 最好的办法是确保只有一个 OpenMP 运行时链接到进程中，例如通过避免 static 链接任何库中的 OpenMP 运行时。 作为一种不安全、不受支持、未记录的解决方法，您可以设置环境变量 KMP_DUPLICATE_LIB_OK=TRUE 以允许程序继续执行，但这可能会导致崩溃或默默地产生不正确的结果。 有关详细信息，请参阅http://openmp.llvm.org/中止陷阱：6

我四处搜索，这似乎是 MacOS 问题，可能与 conda 有关。 但我的机器上没有 conda。

我也酿造了llvm，没用。

请帮我解决这个问题。

谢谢！

Answer 1

找到了我自己的问题的可能答案。

1. 删除 ~/Library/r-miniconda
2. 删除修拉
3. 安装 Seurat，当要求安装 r-miniconda 时，选择 no

Seurat package 可以成功加载。 但仍然不知道 r-miniconda 是否对于与 Seurat 进行进一步分析至关重要。