用 python 中的字符串中的索引替换字符列表

Question

我有一个坐标列表：

coordinates = [[1,5], [10,15], [25, 35]]

我有一个字符串如下：

line = 'ATCACGTGTGTGTACACGTACGTGTGNGTNGTTGAGTGKWSGTGAAAAAKCT'

我想将coordinates中成对指示的间隔替换为以字符'N'开头和结尾。

我能想到的唯一方法是：

for element in coordinates:
    length = element[1] - element[0]
    line = line.replace(line[element[0]:element[1]], 'N'*length)

所需的 output 将是：

line = 'ANNNNGTGTGNNNNNACGTACGTGTNNNNNNNNNNGTGKWSGTGAAAAAKCT'

其中区间 [1,5), [10,15) 和 [25, 35) 在line中被N替换。

这需要我每次都遍历坐标列表并更新我的字符串。 我想知道是否有另一种方法可以替换字符串中的间隔列表？

注意：这个问题的原始解决方案有问题。 在line.replace(line[element[0]:element[1]], 'N'*length)中， replace将替换与line[element[0]:element[1]]中相同的所有其他字符串实例从序列来看，对于使用 DNA 的人来说，这绝对不是你想要的，但是我。 保持解决方案不变，以免干扰后续评论和讨论的流程。

Answer 1

而不是字符串连接（由于创建/销毁字符串实例而造成浪费），使用列表：

coordinates = [[1,5], [10,15], [25, 35]] # sorted

line = 'ATCACGTGTGTGTACACGTACGTGTGNGTNGTTGAGTGKWSGTGAAAAAKCT'

result = list(line)
# opted for exclusive end pos
for r in [range(start,end) for start,end in coordinates]:
    for p in r:
        result[p]='N'

res = ''.join(result)
print(res)

要得到：

ANNNNGTGTGNNNNNACGTACGTGTNNNNNNNNNNGTGKWSGTGAAAAAKCT

---

优化以使用切片和独占end ：

for start,end in coordinates:
    result[start:end] = ["N"]*(end-start)

res = ''.join(result)
print(line)
print(res)

给你你想要的 output：

ATCACGTGTGTGTACACGTACGTGTGNGTNGTTGAGTGKWSGTGAAAAAKCT 
ANNNNGTGTGNNNNNACGTACGTGTNNNNNNNNNNGTGKWSGTGAAAAAKCT

Answer 2

好问题，这应该有效。

coordinates = [[1,5], [10,15], [25, 35]]
line = 'ATCACGTGTGTGTACACGTACGTGTGNGTNGTTGAGTGKWSGTGAAAAAKCT'
for L,R in coordinates:
    line = line[:L] + "N"*(R-L) + line[R:]
print(line)

您可能需要根据坐标的定义方式进行调整，例如。 包含/1 索引。

我们需要更多的人从事 DNA 工作，所以工作很棒。