使用列表中的匹配项或部分匹配项重命名数据框中的 row.name

Question

我在 R 中有一个包含 341 行的数据框。 我想使用包含 349 个名称的列表重命名行名称。 所有 341 个名字都肯定会出现在这个列表中。 但并非所有这些都会是完美的命中。 数据看起来像这样

rownames(df_RPM1)
[1] "LQNS02059392.1_11686_5p"
[2] "LQNS02277998.1_30984_3p"
[3] "LQNS02277998.1_30984_5p"
[4] "LQNS02277998.1_30988_3p"
[5] "LQNS02277998.1_30988_5p"
[6] "LQNS02277997.1_30943_3p"
[7] "miR-9|LQNS02278070.1_31740_3p"
[8] "miR-9|LQNS02278094.1_36129_3p" 

head(inlist)
[1] "dpu-miR-2-03_LQNS02059392.1_11686_5p"  "dpu-miR-10-P2_LQNS02277998.1_30984_3p"
[3] "dpu-miR-10-P2_LQNS02277998.1_30984_5p" "dpu-miR-10-P3_LQNS02277998.1_30988_3p"
[5] "dpu-miR-10-P3_LQNS02277998.1_30988_5p" "miR-9|LQNS02278070.1_31740_3p" 
[6] "miR-9|LQNS02278094.1_36129_3p" 

两者的顺序不一定相同。

谁能建议我如何在 R 中做到这一点？ 非常感谢

Answer 1

很大程度上取决于“非完美打击”的样子。 假设行名是真实姓名的子字符串， str_detect()就可以很好地完成这项工作：

library(tidyverse)
real_names <- c("dpu-miR-2-03_LQNS02059392.1_11686_5p",
                  "dpu-miR-10-P2_LQNS02277998.1_30984_3p",
                  "dpu-miR-10-P2_LQNS02277998.1_30984_5p",
                  "dpu-miR-10-P3_LQNS02277998.1_30988_3p",
                  "dpu-miR-10-P3_LQNS02277998.1_30988_5p",
                  "miR-9|LQNS02278070.1_31740_3p",
                  "miR-9|LQNS02278094.1_36129_3p")

str_which(real_names, "LQNS02059392.1_11686_5p")
#> [1]  1

所以我们可以矢量化（我删除了示例列表中没有的元素 6）：

pos <- map_int(rownames(df_RPM1), ~ str_which(real_names, fixed(.)))
pos
#> [1] 1 2 3 4 5 6 7

剩下的就是更改行名称：

rownames(df_RPM1) <- real_names[pos]

当然，如果不完美的命中意味着更复杂的事情，您可能需要根据行名称或类似内容创建正则表达式。