Plot FDA 中的凸包 plot - R

Question

我正在尝试使用 ggpubr package 为这个 plot 中的每个组添加一个凸包？ 为什么它不起作用？

代码：

library(dplyr)
library(MASS)
library(ggplot2)
library(scales)
library(ggpubr)
library(data.table)

irisfda <- fda(Species ~ ., data = iris, method = mars)
  
df1 <- cbind(data.frame(irisfda$fit$fitted.values), species = iris[,"Species"])

ggplot(df1) +
  geom_point(aes(X1, X2, color = species, shape = species), size = 2.5) + 
  labs(x = "FDA1",y = "FDA1") +  
  stat_chull(aes(color =  species, fill =  species), geom = "polygon", alpha = 0.1)  

Answer 1

您还没有告诉stat_chull x 和 y 点在哪里。 你告诉geom_point它们在哪里，但是当你将它们添加到 plot 时，geoms 和 stats 不会相互继承。你可以将 x 和 y 坐标添加到stat_chull或者，更好的是，将它们添加到ggplot称呼。 然后stat_chull可以继承它们，您可以节省一些输入。

顺便说一下，您使用了 dplyr、MASS、比例和 data.table 的library调用，这些在本例中是不需要的，但是您忘记了对mda的库调用，这是需要的：

library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(mda)

irisfda <- fda(Species ~ ., data = iris, method = mars)
df1 <- cbind(data.frame(irisfda$fit$fitted.values), species = iris[,"Species"])

ggplot(df1, aes(x = X1, y = X2, color = species, shape = species)) +
  geom_point(size = 2.5) + 
  labs(x = "FDA1",y = "FDA1") +  
  stat_chull(geom = "polygon", alpha = 0.1)