为什么networkx在添加边后减少节点数

Question

我需要首先说我的代码运行时没有任何错误消息，但我不明白某些结果。

我从 Pandas 数据框在 networkx 中创建了一个图形，它有 398595 个整数 ID。

# Create Graph
G = nx.Graph()
G.name = "Graph from Pandas"

# Add Nodes to Graph
G.add_nodes_from(test_df['ID'].tolist())
print(nx.info(G))

nx.info(G) 的输出如下，这也是我所期望的：

Type: Graph
Number of nodes: 398595
Number of edges: 0
Average degree:   0.0000

然后我加载第二个 pandas 数据框，它包含 5556353 个条目并具有三列：

ID1    ID2    weight
3      198    0.601002
3      183    0.618057

ID1 或 ID2 中的每个 ID 也存在于第一个 Pandas 数据帧中，因此我按如下方式加载边：

# Add data to Graph
G = nx.from_pandas_edgelist(df,source='ID1',target='ID2', edge_attr='weight')
print(nx.info(G))

然而，这是我不明白的，nx.info(G) 的输出现在返回：

Type: Graph
Number of nodes: 29348
Number of edges: 4371353
Average degree: 297.8978

现在我的问题是（1）为什么这个图中的节点比以前少；（2）为什么这个图中的边比数据框中可用的边少得多？

Answer 1

1. df 的 ID1 和 ID2 之间的唯一 ID 可能比 test_df 的 ID 列中的要少。 我要检查的第一件事是 df 中 ID1 和 ID2 的唯一 ID 是否等于您显示的节点数len(pd.unique(df[['ID1','ID2']].values.ravel())) （应等于 29348）。
2. 边较少的原因之一是数据帧中是否存在有向边。 nx.from_pandas_edgelist的 create_using 参数的默认值是nx.Graph()因此边将被视为无向边并删除多个边。 如果您想要有向边、多条边或两者，请尝试分别将 nx.DiGraph、nx.MultiGraph 或 nx.MultiDiGraph 传递给create_using参数。