在 matplotlib 中添加 graphviz 图

Question

我正在使用networkx可视化各种网络。 看一个简单的例子

    graph = nx.DiGraph()
    graph.add_edge("a", "b")
    graph.add_edge("a", "a")
    nx.draw(graph)
    plt.show()

不幸的是， networkx绘图不会呈现自循环。 我知道其他功能丰富的软件包，如GraphViz及其实现pygraphviz 。 但是，这样的包不允许我自定义我的图（如子图、注释等）。 我可以用networkx做所有这些，因为它可以用matplotlib Axes 绘图。 这对于程序化操作和大量自定义非常方便。 有没有办法让GraphViz网络绘图到matplotlib ？

我总是可以使用imshow将GraphViz创建的 PNG 嵌入到matplotlib图中。 然而，它的结果是可怕的，几乎没有定制控制。

Answer 1

这似乎还不存在。 如果你想自己实现它，有几个选择。 如果您想将布局留给 Graphviz 而只是将形状和位置交给 Matplotlib，还有两个选项可以获取渲染所需的数据：

1. 您将二进制文件（如dot ）与-Tjson option 一起使用，它似乎发出了所有必要的绘图数据，但我没有找到关于op是什么的文档。
2. 您将 Graphviz 用作库。 第 2.3 节（渲染图形）描述了如何访问数据。

然后，您将此数据输入Axes的Artist （教程） 。 Matplotlib 也有一个关于如何绘制路径的教程。

Answer 2

我不确定你为什么说 networkx 不呈现自循环。 这不是你要找的吗？

import networkx as nx
from matplotlib import pyplot as plt

graph = nx.DiGraph()
graph.add_edges_from([("a", "b"), ("a", "a"), ("b", "b"), ("c", "b"), ("c", "c")])
nx.draw(graph, with_labels=True)
plt.show()