如何调整 nifti (nii.gz 医学图像) 文件的大小

Question

我有一些形状不同的 nii.gz 格式的医学图像。 我想将所有大小调整为相同的形状，以便提供给深度学习模型，我尝试使用 nibabel 的 resample_img()，但它破坏了我的图像。 我想做一些其他功能只是将其调整为特定形状，例如 (512,512,129)。

有人请在这方面帮助我。 我在这一步卡住了很多天。

Answer 1

也许你可以使用这个：

https://scikit-image.org/docs/dev/api/skimage.transform.html

我在其中一篇论文中看到过。 这是函数 ScaleToFixed 中的示例：

https://github.com/sacmehta/3D-ESPNet/blob/master/Transforms.py

这是我如何做到的。 我有 320x320x130 形状的体积（黑色和白色，所以没有 rgb 尺寸）。 我想让它小一倍。 这对我有用：

import skimage.transform as skTrans
im = nib.load(file_path).get_fdata()
result1 = skTrans.resize(im, (160,160,130), order=1, preserve_range=True)

Answer 2

您可以使用TorchIO ：

import torchio as tio

image = tio.ScalarImage('path/to/image.nii.gz')
transform = tio.CropOrPad((512,512,129))
output = transform(image)

如果您想保留原始视野，则可以改用Resample变换。

免责声明：我是 TorchIO 的主要开发者。