如何調整 nifti (nii.gz 醫學圖像) 文件的大小

Question

我有一些形狀不同的 nii.gz 格式的醫學圖像。 我想將所有大小調整為相同的形狀，以便提供給深度學習模型，我嘗試使用 nibabel 的 resample_img()，但它破壞了我的圖像。 我想做一些其他功能只是將其調整為特定形狀，例如 (512,512,129)。

有人請在這方面幫助我。 我在這一步卡住了很多天。

Answer 1

也許你可以使用這個：

https://scikit-image.org/docs/dev/api/skimage.transform.html

我在其中一篇論文中看到過。 這是函數 ScaleToFixed 中的示例：

https://github.com/sacmehta/3D-ESPNet/blob/master/Transforms.py

這是我如何做到的。 我有 320x320x130 形狀的體積（黑色和白色，所以沒有 rgb 尺寸）。 我想讓它小一倍。 這對我有用：

import skimage.transform as skTrans
im = nib.load(file_path).get_fdata()
result1 = skTrans.resize(im, (160,160,130), order=1, preserve_range=True)

Answer 2

您可以使用TorchIO ：

import torchio as tio

image = tio.ScalarImage('path/to/image.nii.gz')
transform = tio.CropOrPad((512,512,129))
output = transform(image)

如果您想保留原始視野，則可以改用Resample變換。

免責聲明：我是 TorchIO 的主要開發者。