Niftis 被繪制歪斜

[英]Niftis being plotted skewed

賞金將在 4 天后到期。 此問題的答案有資格獲得+50聲望賞金。 Cenoc正在從信譽良好的來源尋找答案。 當我繪制單個圖像時，它們看起來是傾斜的，但當我在 3DSlicer 或其他查看器中查看圖像時，它們不會出現這種情況。 我不確定是否應該調整一些我不知道的東西。 以下是我從DICOM轉換的方 ...

如何在 Python 中翻轉 MRI 圖像

[英]How to Flip MRI image in Python

我正在嘗試翻轉圖 1 中顯示的圖像以匹配圖 2 中圖像的方向，但我不確定如何操作。 這是圖像的方向： 例如，我如何在 Python 中使用 SimpleITK 或 nibabel 做到這一點？ ...

基於厚度的像素之間的着色區域

[英]Coloring area between pixels based on thickness

我正在嘗試分離大腦圖像中的灰質並根據每個點的皮質厚度對其進行着色，給出類似於以下的結果： Cortical thickness map based on this original: Original brain scan 到目前為止，我已經分割了白質邊界和灰質邊界，給了我這個： 白+灰質分割下一步 ...

MRI 圖像的 3D 圖像中心裁剪

[英]Center cropping of 3D images for MRI images

我有一個 3D MRI 圖像列表，我想將這些圖像裁剪到中心，以便只留下 ROI，關於如何做到這一點的任何建議？ 我嘗試了以下代碼，但它最后返回了原始大小......知道如何將所有不同尺寸的圖像裁剪到中心嗎？ path1=(r"\*.*") #ALL after resliced and resiz ...

如何使用 Nibabel 從同一個文件夾中讀取多個 Nifti 文件？

[英]How to read multiple Nifti files from the same folder with Nibabel?

我確實看到了一些與 Nibabel 相關的 tuts，當你只讀取一個 nii 圖像時它們工作正常，但我需要從同一個文件夾中讀取 167 個文件，但我不知道該怎么做。 我嘗試使用 glob，因為我們將它用於 OpenCV，但它與 Nibabel 的工作方式不同。 ...

嘗試使用 numpy 將非 cubic.nii 腦部掃描轉換為立方體 - 數據惡化 - 看起來不一樣

[英]Trying to turn a non-cubic .nii brain scan into a cubic one using numpy - data deteriorating - doesnt look the same

我將 a.nii 腦部掃描文件轉換為維度為 (240, 240, 155) 的數組。 我需要一個立方體 3D 數組 - 所以我將形狀為 (240, 240, 43) 和 (240, 240, 42) 的 2 arrays 連接到沿第二個軸（軸 = 2）的原始數組，結果是 (240 , 240, 24 ...

嘗試訪問 nifti 圖像時出現 Memmap AttributeError header

[英]Memmap AttributeError when trying to access nifti image header

使用代碼scan = nibabel.load(filepath)加載 NIFTI (.nii) 圖像（使用 Nibabel）后，通過scan.header顯示圖像 header 信息很有用。 如果在調用 scan.header 之前調用scan.header scan.get_fdata() ， ...

如何從 3D NIfti 體積中獲取二維切片？

[英]How can I obtain 2D slices from a 3D NIfti volume?

我目前正在使用以下代碼將 DCM 切片轉換為 NIfti 圖像： 此代碼將生成一個 3D NIfti 卷。 如何從這個 3D NIfti 卷中獲取所有切片？ ...

一次將所有切片轉換為 nii.gz 的問題

[英]Problems with converting all slices into nii.gz at once

我正在使用以下代碼將我所有的 332 個 npy 切片轉換為 nii.gz 格式： 對我來說，切片太多（以及大量圖像）無法繼續這樣做，有沒有辦法一次將它們全部轉換？ ...

npy 到 nii.gz 轉換的問題

[英]Problems with npy to nii.gz conversion

我正在嘗試將.npy圖像轉換為nii.gz圖像，即使我正確遵循了說明，我也遇到了各種問題。 這是我正在使用的代碼： 關於圖像：（332、360、360）float64（這是我們打印形狀和 dtype 時得到的） https://ibb.co/mRyTrw7 - 顯示錯誤和圖像信息的圖像 ...

在python中本地安裝模塊

[英]Install module in python locally

我有一個非常基本的問題。 我想在我的計算機上安裝一個新模塊，以便在 Python 中使用它（通過 Spyder）。 當我通過 pip 安裝軟件包時，一切似乎都正常。 當我想在我的腳本中導入包時，它說沒有該名稱的模塊（請參閱下面的屏幕截圖） 任何建議可能是什么問題？ 非常感謝 ：） 這個問題的截 ...

nibabel.filebasedimages.ImageFileError 大文件 label

[英]nibabel.filebasedimages.ImageFileError for large label files

加載大小為 14.4 MB 的大型標記 NIFTI 文件時出現以下錯誤。 這是代碼： 當我嘗試打開此類較小的文件（按 KB 的順序）時，不會發生這種情況。 我可以在 FreeSurfer FreeView 中打開這個文件，沒有錯誤，它看起來很好。 這發生在 NiBabel 的 3.2.1 版本中。 ...

如何正確地將 RGB 圖像轉換為漂亮的格式？

[英]How to correctly convert RGB images into nifty format?

我有 RGB 圖像，我正在將其作為 numpy 數組加載。 我想將這些圖像轉換成漂亮的格式，我可以使用 ITK-SNAP ( http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php ) 打開它。 這是我嘗試做的事情： 然而，ITK-SNAP 將output.nii解釋為 ...

如何將 nift 文件夾轉換為 png 圖像？

[英]how to convert a nift folder to png images?

*圖書館有一個從 NumPy 和 imageio import NumPy as np import os import nibabel as nib import imageio // 方法我寫代碼將 nift 轉換為 png Method convert a nift(.nii) imag ...

如何使用 Python 檢查 NIFTI 圖像是否處於正確的方向/位置

[英]How to check NIFTI image is in the right orientation/position with Python

我剛來這地方。 目前正在學習 Python 上的醫學成像數據，想知道是否可以識別 NIFti 圖像的方向正確以及如何進行轉換。 我在網上查找了一些算法，通過仿射變換將成像數據（主要以 JPG 格式）“旋轉”一定角度，但沒有關於如何在 nifti 圖像上執行此操作並通過 nibabel 將其保存為新 ...

更改 nifti 圖像中的體素值並保存

[英]change voxel values in nifti image and save it

我將讀取一個 nifti 圖像並更改體素的值並保存與主圖像類似但只有不同體素值的新 nifti 圖像。 換句話說，我希望分割圖像中的標簽從 0 到 7，而不是具有不同的數字。 o 編寫了下面的代碼，但我收到此錯誤： 可能的 C/C++ 原型有： itk::simple::WriteImage(it ...

加載 3D Niftii 圖像並保存軸向、冠狀、矢狀的所有切片？

[英]Load 3D Niftii images and save all slices for axial, coronal, saggital?

我有一些 3D Niftii 腦 MRI 掃描數據集（FLAIR、T1、T2、..）。 例如，FLAIR 掃描為 144x512x512，體素大小為 1.1、0.5、0.5，我想從軸向、冠狀和矢狀視圖中獲得 2D 切片，我將其用作 CNN 的輸入。 我想做的事：用 nibabel 讀取 in.ni ...

如何調整 nifti (nii.gz 醫學圖像) 文件的大小

[英]How to resize a nifti (nii.gz medical image) file

我有一些形狀不同的 nii.gz 格式的醫學圖像。 我想將所有大小調整為相同的形狀，以便提供給深度學習模型，我嘗試使用 nibabel 的 resample_img()，但它破壞了我的圖像。 我想做一些其他功能只是將其調整為特定形狀，例如 (512,512,129)。 有人請在這方面幫助我。 我在 ...

如何在數組中查找組？

[英]How can I find groups in an array?

我有一個二進制 3d 數組，它有小組1和大組1 。 我想搜索數組，當找到1時，我想在x,y,z方向搜索周圍的值並計算連接了多少個1 。 如果少於x數量1我想將該組設置為 0。整個 3d 數組由1和0 。 數組示例： 有一組1在 x,y,z 方向上彼此直接相鄰。 在我針對此場景的代碼中，該組為n ...

使用 nibabel 以“SPM”風格保存 nifti

[英]Using nibabel to save nifti in “SPM” style

我已經使用 python 分析了一些 fMRI 數據，現在想將我的結果保存為 niftis，然后我可以在 SPM 分析中使用。 我的數據分數是一個形狀為 (97, 115, 97) 的 float64 數組。 我使用以下代碼來保存它： 但是，當我將數據加載到 SPM 中時，我注意到原點和比例與 ...