如何使用 Python 檢查 NIFTI 圖像是否處於正確的方向/位置

Question

我剛來這地方。 目前正在學習 Python 上的醫學成像數據，想知道是否可以識別 NIFti 圖像的方向正確以及如何進行轉換。 我在網上查找了一些算法，通過仿射變換將成像數據（主要以 JPG 格式）“旋轉”一定角度，但沒有關於如何在 nifti 圖像上執行此操作並通過 nibabel 將其保存為新 nifti 圖像的文檔.

為了說明我的意思。 我想學習如何將此圖像 1更改為此圖像

Answer 1

對於您的第一個問題，您應該檢查 NIfTI 圖像的方向，然后將其旋轉到您想要的方向。 為了檢查方向，我們使用nibabel.orientations.aff2axcodes https://nipy.org/nibabel/reference/nibabel.orientations.html#nibabel.orientations.aff2axcodes

對於旋轉，我們將使用nibabel.orientations.flip_axis https://nipy.org/nibabel/reference/nibabel.orientations.html#nibabel.orientations.flip_axis

def check_orientation(ct_image, ct_arr):
    """
    Check the NIfTI orientation, and flip to  'RPS' if needed.
    :param ct_image: NIfTI file
    :param ct_arr: array file
    :return: array after flipping
    """
    x, y, z = nib.aff2axcodes(ct_image.affine)
    if x != 'R':
        ct_arr = nib.orientations.flip_axis(ct_arr, axis=0)
    if y != 'P':
        ct_arr = nib.orientations.flip_axis(ct_arr, axis=1)
    if z != 'S':
        ct_arr = nib.orientations.flip_axis(ct_arr, axis=2)
    return ct_arr

請注意，在您的情況下，您只需要翻轉 z 軸，但請嘗試使用上面的 function 並更改您的情況以檢查您的數據。

最后一件事是將新的 NIfTI 掃描（NumPy 數組）保存為nii圖像。 為此，請使用Nifti1Image創建nii object，然后使用nibabel.save將其保存到文件中。

new_nifti = nib.Nifti1Image(<ct_arr>.astype(np.float), nii_original_scan.affine)
nib.save(new_nifti, f'< path to new scan >.nii.gz')

ct_arr是您的 numpy 數組（確保是浮點類型）。 第二個參數是加載后的原始 NIfTI 掃描。 在同一個 function 中，確保在文件名中添加后綴.nii或.nii.gz

希望清楚:)