如何使用 Nibabel 從同一個文件夾中讀取多個 Nifti 文件？

Question

我確實看到了一些與 Nibabel 相關的 tuts，當你只讀取一個 nii 圖像時它們工作正常，但我需要從同一個文件夾中讀取 167 個文件，但我不知道該怎么做。 我嘗試使用 glob，因為我們將它用於 OpenCV，但它與 Nibabel 的工作方式不同。

data = glob.glob('path to my data' + '*.nii.gz')
print(len(data))
print(data)
data = np.asarray(data)
print(data)

Answer 1

正如上面提到的評論之一，您描述的data只包含圖像文件名而不是它們的像素。

一旦你有了文件名列表（或一些容器，其中每個文件名字符串都是一個元素） data ，你可以這樣做：

import numpy as np;
import nibabel as nb;

if "imdata" not in locals():    

    for i in range ( len ( data ) ):

        imname = data [ i ];

        if "imdata" not in locals():
            imdata = nb.load ( imname ).get_fdata().flatten();
            imlen  = len ( imdata );
            imdata = imdata.reshape ( 1, imlen );
        else:
            imdata = np.append ( imdata, nb.load ( imname ).get_fdata().flatten().reshape ( 1, imlen ), axis=0 );

如果圖像大小相同，這將起作用 - 您將獲得#images x #pixelsperimage的矩陣。 您當然也可以在 3D 或 4D 中執行此操作，具體取決於您需要對圖像數據執行的操作。

locals()的使用有點多，對我來說，當我寫這個時它很方便，因為不必在同一個 session 中重新加載圖像。