如何將 CT Nifti 文件轉換為 Hounsfield 單位？

Question

將 CT 掃描 nifti 文件轉換為 Hounsfield 單位的正確方法是什么？ 我的代碼如下：

path = 'input/volume/volume-0.nii'
img_obj = nib.load(path)
img_data = img_obj.get_fdata()

slope = img_obj.dataobj.slope
intercept = img_obj.dataobj.inter

img_data[img_data >= 1200] = 0 #trying to remove bone area
images = slope * img_data.astype(np.float32)
hu_images = images + intercept

但是當我嘗試將這個 hu 轉換后的圖像標准化為 [0,1] 時，它會產生一個黑色圖像。

Answer 1

如果相應的標頭字段設置正確， nib.get_fdata()應該已經縮放了您的數據。 有關解釋，請參閱這篇文章。

請注意，如果您嘗試將高 HU 密度設置為 0（使用img_data[img_data >= 1200] = 0 ），您將賦予它與水相同的密度。 您可能想要的是將其設置為空氣密度（HU -1,000）。

為了將圖像縮放到[0, 1]您可以使用：

from skimage.exposure import rescale_intensity

rescale_intensity(img_data, in_range='image', out_range=(0., 1.))