在 header 中對齊具有不同形狀和 q_offset 值的 nifti 文件

Question

我用下面的 header 進行了全身MRI掃描：

{

dim             : [  3 320 260  96   1   0   0   0]

pixdim          : [1.      1.40625 1.40625 3.      0.00436 0.      0.      0.     ]

qoffset_x       : -216.09375

qoffset_y       : -178.90625

qoffset_z       : -664.5

srow_x          : [   1.40625    0.         0.      -216.09375]

srow_y          : [   0.         1.40625    0.      -178.90625]

srow_z          : [   0.         0.         3.      -664.5]

}

全身MRI掃描中不同器官的二進制label-maps 。 我需要將它們合並為一個標簽映射漂亮的文件。
其中一個label-map在其 header 中具有不同的形狀和 q_offset 值，這使得合並變得困難。 下面的標簽映射漂亮文件的 header ：

{

dim             : [ 3 55 49 28  1  1  1  1]

pixdim          : [1.      1.40625 1.40625 3.      1.      1.      1.      1.     ]

qoffset_x       : 119.41935

qoffset_y       : 106.36636

qoffset_z       : -503.68216

srow_x          : [ -1.40625   0.        0.      119.41935]

srow_y          : [  0.       -1.40625   0.      106.36636]

srow_z          : [  0.        0.        3.      -503.68216]

}

當我使用3dSlicer將單個標簽圖覆蓋在全身MRI掃描的頂部時，它完美地覆蓋了相關器官，但由於形狀不同，一旦合並所有標簽圖，它就不起作用 [黃色標簽-脾臟器官圖]。

這就是它在3dSlicer [尋找黃色區域] 中的外觀。

但預期的可視化區域位於下圖的右下角。 (脾臟)

由於體素分辨率相同，我認為這與不同q_offset值有關。

請讓我知道是否有人有解決方案。

Answer 1

這取決於您的查看/后處理程序需要什么。

有些程序需要相同的分辨率（在您的情況下並非如此），但隨后可能允許不同的 Q/S 形式（當它們不使用時）。

其他允許您疊加不同分辨率的圖像，但然后依靠 Q/S forms 到 position 視圖框中的圖像。

您的 nifti 標題中的一件有趣的事情是，S 形中的 x 和 y 體素大小在掃描中為正，在標簽中為負。

這意味着：

• 在 MR 掃描中從左到右增加 x 索引 go
• 在標簽中從右到左增加 x 索引 go

和

• 在 MR 掃描中從前到后增加 y 索引 go
• 在標簽中從后到前增加 y 索引 go

由於您的查看器似乎考慮了 Q/S 形式，這意味着體素數據本身在兩個方向上交換。 但這也意味着重心可能需要調整（在一種情況下：偏移來自左/前，在另一種情況下來自右/后）。

您可以使用更改了新偏移量的文件副本進行測試。 S 形看起來確實標簽已經對齊（偏移量大於邊界框的范圍），但可能沒有使用能夠很好地處理具有不同 LR 和 AP 方向的圖像的工具。