如何使用 Nibabel 从同一个文件夹中读取多个 Nifti 文件？

Question

我确实看到了一些与 Nibabel 相关的 tuts，当你只读取一个 nii 图像时它们工作正常，但我需要从同一个文件夹中读取 167 个文件，但我不知道该怎么做。 我尝试使用 glob，因为我们将它用于 OpenCV，但它与 Nibabel 的工作方式不同。

data = glob.glob('path to my data' + '*.nii.gz')
print(len(data))
print(data)
data = np.asarray(data)
print(data)

Answer 1

正如上面提到的评论之一，您描述的data只包含图像文件名而不是它们的像素。

一旦你有了文件名列表（或一些容器，其中每个文件名字符串都是一个元素） data ，你可以这样做：

import numpy as np;
import nibabel as nb;

if "imdata" not in locals():    

    for i in range ( len ( data ) ):

        imname = data [ i ];

        if "imdata" not in locals():
            imdata = nb.load ( imname ).get_fdata().flatten();
            imlen  = len ( imdata );
            imdata = imdata.reshape ( 1, imlen );
        else:
            imdata = np.append ( imdata, nb.load ( imname ).get_fdata().flatten().reshape ( 1, imlen ), axis=0 );

如果图像大小相同，这将起作用 - 您将获得#images x #pixelsperimage的矩阵。 您当然也可以在 3D 或 4D 中执行此操作，具体取决于您需要对图像数据执行的操作。

locals()的使用有点多，对我来说，当我写这个时它很方便，因为不必在同一个 session 中重新加载图像。