如何在數組中查找組？

Question

我有一個二進制 3d 數組，它有小組1和大組1 。 我想搜索數組，當找到1時，我想在x,y,z方向搜索周圍的值並計算連接了多少個1 。 如果少於x數量1我想將該組設置為 0。整個 3d 數組由1和0 。

數組示例：

img  = np.array([[[0,0,0,1,0],
                  [0,0,0,1,1]],
                 [[0,0,0,1,0],
                  [0,0,0,0,0]]])

有一組1在 x,y,z 方向上彼此直接相鄰。 在我針對此場景的代碼中，該組為num_group = 4 。 由於該組小於 10 我想將該組設為0 。

img  = np.array([[[0,0,0,0,0],
                  [0,0,0,0,0]],
                 [[0,0,0,0,0],
                  [0,0,0,0,0]]])

我的陣列中有 1-2 個非常大且不同的組。 我只想在我的最終數組中包含那些大組。

import nibabel as nib
import numpy as np
import os, sys

x = 10

img = nib.load(\\test.nii).get_fdata()
print(img.shape)
>>>(512,512,30)
size_x, size_y, size_z = vol.shape

for z_slices in range(size_z):
    for y_slices in range(size_y):
        for x_slices in range(size_x):
            num_group = (Find a 1 and count how many 1s are connected)
            if num_group < x:
                num_group = 0

Answer 1

您可以為此使用 skimage：

from skimage.measure import regionprops,label
sz = 10  #this is your set threshold
xyz = np.vstack([i.coords for i in regionprops(label(img)) if i.area<sz]) #finding regions and coordinates of regions smaller than threshold
img[tuple(xyz.T)]=0 #setting small regions to 0

輸出：

[[[0 0 0 0 0]
  [0 0 0 0 0]]

 [[0 0 0 0 0]
  [0 0 0 0 0]]]