生成和编码方案

Question

我有一个看起来像这样的数据框：

df <- data.frame(id= rep(seq(1:125),3),
  timpoint= c(rep("T1", 125), rep("T2", 125), rep("T3", 125)),
                 treatment=c(rep("A",25),rep("B",25),rep("C",25),rep("D",25),rep("E",25)))
interaction.col <- paste(df$timpoint, df$treatment, sep = "_")  

df <- cbind(df, interaction.col)

我正在尝试为交互列生成一个总和编码方案，它是前两列的组合。 根据这篇论文，我应该得到一个 (a−1)×(b−1) 列和 n 行的矩阵（在这种情况下为 375）

我已经阅读了使用对比：

 contrasts(df$interaction.col) <-  "contr.sum"
     df.c <- contrasts(df$interaction.col)

然而，不知何故，输出是一个 15x14 的矩阵，而它应该是一个 375 x8。 此外，只有最后一行设置为 -1，这不应该是这种情况。 对于上次处理 (E) 的所有 ID，相应时间点的交互列应设置为 -1。 对于所有列，处理组 E 中的最后一个 ID 应为 -1。 我在这里做错了什么？

Answer 1

根据您感兴趣的效果以及您将如何拟合模型，您最终会得到不同数量的效果。 例如，在拟合主效应和交互效应的情况下，最终应该有 8 列用于交互，即 (a-1) x (b-1)。 如果您不适合主效应，您最终会得到 a*b - 1：

以下是创建矩阵的方法：

主要影响：

model.matrix(~treatment * timpoint, df, list(treatment = contr.sum, timpoint=contr.sum))

在这种情况下，最后 8 列是您感兴趣的列

无主效应：

model.matrix(~treatment:timpoint, df, list(treatment = contr.sum, timpoint=contr.sum))